Il y a une conséquence gigantesque à la position de Emmanuel Kant sur la science. A partir du moment où il dit qu'on ne peut pas connaître en tant que telle une chose, mais seulement notre rapport avec elle, il y a une part de relativisme qui est aujourd'hui franchement réactionnaire avec le néo-kantisme.

Toutefois, à l'époque, Emmanuel Kant joue un rôle progressiste, dans la mesure où il laïcise la science. En effet, aujourd'hui on peut considérer le kantisme comme un idéalisme, car il reconnaît la « chose en soi », le caractère inaccessible en elle-même de la « vraie » réalité d'une chose.

Cependant, à l'époque, en agissant ainsi, Emmanuel Kant agissait tel un Averroès triomphant. Il disait en pratique : à nous scientifiques, les objets que nous connaissons par les sens et que nous étudions par l'entendement, à vous religieux tout ce qui traite de la « chose en soi », au moyen de la « métaphysique ».

Avec Emmanuel Kant on a une distinction élaborée, tranchée, sans ambiguïtés, entre la science et la métaphysique, entre la science et la religion. Emmanuel Kant n'hésite pas à dire que :

« Même les concepts de réalité, substance, causalité, oui même de fait de nécessité dans l'être-là, perdent toute signification, et sont des titres vides mis en concepts, sans aucun contenu, si je m'aventure en-dehors du champ des sens. »

Par conséquent :

« Il est de fait nécessaire qu'on soit convaincu de l'être-là de Dieu ; il n'est toutefois pas de la même manière nécessaire qu'on le démontre. »

Dieu sert de concept abstrait, général, comme dans le protestantisme, pour justifier l'entendement humain, mais pour le reste il ne sert à rien. C'est ce qu'on retrouve chez Averroès au sujet de la « double vérité », ou encore de manière très connue dans l'anecdote concernant Napoléon et Pierre-Simon de Laplace.

Napoléon avait lu la première édition de l'Exposition du Système du monde de Pierre-Simon Laplace, et affirma à celui-ci « Newton a parlé de Dieu dans son livre. J'ai déjà parcouru le vôtre et je n'y ai pas trouvé ce nom une seule fois ». La réponse de Pierre-Simon Laplace est racontée ainsi : « Citoyen premier Consul, je n'ai pas eu besoin de cette hypothèse. »

L'existence de Dieu n'est pas remise en cause, mais on est dans le déisme : Dieu ne peut pas être prouvé, on ne peut pas démontrer son existence. On accepte simplement qu'il a « donné » le monde aux êtres humains.

René Descartes n'était pas loin de cette position, qu'il annonce, toutefois il n'a pas su organiser la rupture intellectuelle, idéologique, méthodique entre science et métaphysique.

Baruch Spinoza était proche de cette position, mais lui anticipe plus concrètement le matérialisme dialectique, qui fusionne la science avec non plus la métaphysique, mais la compréhension de l'univers comme seule réalité.

Avec Emmanuel Kant, on a donc la position typiquement bourgeoise, protestante, de la laïcité. Dieu est là pour justifier la morale, l'entendement humain, la possibilité d'une humanité digne, organisée sur la base d'individus responsables. Mais pour le reste, pour l'explication du mouvement dans l'espace et le temps, on n'a nul besoin de Dieu.

Emmanuel Kant fait donc l'éloge de la science totalement laïcisée :

« Quand Galilée fit rouler ses sphères sur un plan incliné avec un degré d’accélération dû à la pesanteur déterminé selon sa volonté, quand Torricelli fit supporter à l’air un poids qu’il savait lui-même d’avance être égal à celui d’une colonne d’eau à lui connue, ou quand plus tard, Stahl transforma les métaux en chaux et la chaux en métal, en leur ôtant ou en lui restituant quelque chose, ce fut une révélation lumineuse pour tous les physiciens.

Ils comprirent que la raison ne voit que ce qu’elle produit elle-même d’après ses propres plans et qu’elle doit prendre les devants avec les principes qui déterminent ses jugements, suivant des lois immuables, qu’elle doit obliger la nature à répondre à ses questions et ne pas se laisser conduire pour ainsi dire en laisse par elle; car autrement, faites a hasard et sans aucun plan tracé d’avance, nos observations ne se rattacheraient point à une loi nécessaire, chose que la raison demande et dont elle a besoin.

Il faut donc que la science tienne, ses principes qui seuls peuvent donner aux phénomènes concordant entre eux l'autorité de lois, et de l’autre, l’expérimentation qu’elle a imaginée d’après ces principes, pour être instruite par elle, il est vrai, mais, au contraire, comme un juge en fonctions qui force les témoins à répondre aux questions qu’il leur pose.

La Physique est donc ainsi redevable de la révolution si profitable opérée dans sa méthode uniquement à cette idée qu’elle doit chercher dans la nature – et non pas faussement imaginer en elle- conformément à ce que la raison y transporte elle-même, ce qu’il faut qu’elle apprenne et dont elle ne pourrait rien connaître par elle-même.

C’est par là seulement que la Physique a trouvé tout d’abord la sûre voie d’une science, alors que depuis tant de siècles elle en était restée à de simples tâtonnements. »