L'affaire Galilée ne consiste pas du tout en ce en quoi les commentateurs bourgeois l'ont résumée. Il est en effet considéré ici que Galilée aurait défendu la thèse de Nicolas Copernic comme quoi la Terre tournait autour du soleil, et non le contraire ; l'inquisition l'aurait alors brutalement réprimé, faisant de Galilée un martyr de la science.

En réalité, l'affaire de l'affirmation de l'héliocentrisme contre le géocentrisme n'a été qu'un prétexte. Le véritable problème de fond était la physique de Galilée, et nullement l'héliocentrisme qui n'était qu'une conséquence d'une problématique provoquée par la physique de Galilée : la laïcité.

Galilée est, en effet, un enfant de la Renaissance italienne : il s'intéresse initialement aux arts, notamment la peinture, et son intérêt pour les sciences découle de cette perspective. Sa vision d'un monde organisé en chiffres correspond absolument à l'idéologie néo-platonicienne au coeur de la Renaissance italienne.

Galilée devient ainsi un savant au service de la République de Venise, enseignant les mathématiques, l'astronomie, la mécanique appliquée ainsi que l'architecture militaire. Il travaille sur l'artillerie lourde (trouvant que 45° est le meilleur angle) et invente un thermomètre, une balance hydrostatique, un compas (dit de proportion), etc.

Il invente notamment une lunette astronomique, découvrant ainsi les satellites de Jupiter, les anneaux de Saturne, les tâches solaires, etc. Il racontera ses découvertes notamment dans Sidereus Nuncius, publié en mars 1610.

Voici ce que dit Galilée au début de cette œuvre :

« LE MESSAGER DES ÉTOILES

Observations récentes montrant les nouveaux aspects de la face de la Lune, de la voie lactée, les étoiles nébuleuses, les innombrables fixes, ainsi que quatre planètes

LES ÉTOILES MÉDICÉENNES

Jusque-là jamais observées ni rapportées.

Ce sont assurément de grands sujets que je propose, dans ce court traité, à ceux qui s'intéressent à l'observation de la Nature afin qu'ils les examinent et les contemplent. Grands, d'abord du fait de l'importance du sujet mais aussi de sa nouveauté et enfin par l'instrument qui nous a permis de les découvrir.

C'est une grande tâche que de montrer l'existence d'un très grand nombre d'étoiles fixes qui jusqu'alors n'ont pas pu être observées par nos sens et d'en augmenter le nombre de plus de dix fois celles qui sont déjà connues.

Il est très beau et agréable d'observer la surface de la Lune qui est pourtant à presque soixante diamètres terrestres de nous, comme si elle était distante de seulement deux mesures. »

C'est dans ce cadre que Galilée a admis la thèse héliocentrique de Nicolas Copernic, dont l'oeuvre, De revolutionibus orbium coelestium, a été suspendue par l'inquisition. La thèse héliocentrique ne pouvait être présentée uniquement que comme une « hypothèse » d'un modèle mathématique.

Le théologien et astronome Paolo Antonio Foscarini (1565–1616) publia alors en 1615 une œuvre défendant Nicolas Copernic et affirmant que l'héliocentrisme ne remettait nullement en cause la Bible. Une interdiction s'en suivit, et le pape Urbain VIII, ami de Galilée, demanda alors à celui-ci de publier une œuvre confrontant géocentrisme et héliocentrisme, en respectant bien le principe selon lequel ce serait encore seulement une hypothèse.

Galilée était alors au coeur du Vatican, puisqu'en 1611 il avait présenté ses découvertes au Collège pontifical et à l'Académie des Lyncéens, devenant membre de cette dernière qui était une association scientifique nouvellement formée.

Cependant, Galilée allait pour beaucoup trop loin dans le néo-platonisme de la Renaissance. Dans Il Saggiatore, publié en 1623 et dédié au pape Urbain VIII, il avait déjà ouvertement présenté les mathématiques comme le langage de la nature :

« La philosophie est écrite dans ce vaste livre constamment ouvert devant nos yeux (je veux dire l'univers), et on ne peut le comprendre si d'abord on n'apprend à connaître la langue et les caractères dans lesquels il est écrit.

Or il est écrit en langue mathématique, et ses caractères sont le triangle et le cercle et autres figures géométriques, sans lesquelles il est humainement impossible d'en comprendre un mot. »

Galilée prolongea son initiative, jusqu'à un coup trop osé : il décida ainsi de ne fournir à la censure que la préface et la conclusion de l'oeuvre demandée par le pape, intitulée Dialogue sur les deux grands systèmes du monde. Or, lorsque l'ouvrage paraît, en 1632, on s'aperçoit que c'est un brûlot : Filippo Salviati, un Florentin porte-parole de Galilée, y convainc le Vénitien et sage Giovan Francesco Sagredo, ridiculisant un personnage appelé Simplicio, partisan du géocentrisme.

La demande du pape a été ainsi contournée, et ce coup de force en faveur d'une laïcisation de la science se voit nécessairement écrasé : par le pape qui tentait de ménager une position intermédiaire, puis par l'Inquisition elle-même, qui fit de l'héliocentrisme le symbole de la remise en cause scientifique de son existence, l’Église interdisant cette thèse jusqu'en 1757.

Voici le début de la repentance de Galilée exigée par le Vatican :

« Moi, Galiléo, fils de feu Vincenzio Galilei de Florence, âgé de soixante dix ans, ici traduit pour y être jugé, agenouillé devant les très éminents et révérés cardinaux inquisiteurs généraux contre toute hérésie dans la chrétienté, ayant devant les yeux et touchant de ma main les Saints Évangiles, jure que j'ai toujours tenu pour vrai, et tiens encore pour vrai, et avec l'aide de Dieu tiendrai pour vrai dans le futur, tout ce que la Sainte Église catholique et apostolique affirme, présente et enseigne.

Cependant, alors que j'avais été condamné par injonction du Saint-office d'abandonner complètement la croyance fausse que le Soleil est au centre du monde et ne se déplace pas, et que la Terre n'est pas au centre du monde et se déplace, et de ne pas défendre ni enseigner cette doctrine erronée de quelque manière que ce soit, par oral ou par écrit ; et après avoir été averti que cette doctrine n'est pas conforme à ce que disent les Saintes Écritures, j'ai écrit et publié un livre dans lequel je traite de cette doctrine condamnée et la présente par des arguments très pressants, sans la réfuter en aucune manière ; ce pour quoi j'ai été tenu pour hautement suspect d'hérésie, pour avoir professé et cru que le Soleil est le centre du monde, et est sans mouvement, et que la Terre n'est pas le centre, et se meut.

J'abjure et maudis d'un cœur sincère et d'une foi non feinte mes erreurs. »

Or, il faut voir la suite : Galilée fut donc menacé, mais sa condamnation transformée en résidence surveillée, d'abord chez un archevêque, ensuite chez lui. Il ne fit jamais la récitation des psaumes de la pénitence une fois par semaine, sa fille religieuse s'en chargeant. Enfin, il continua à profiter des bénéfices ecclésiastiques promis par le pape.

On ne peut pas parler d'une répression sanglante. L'héliocentrisme n'était qu'un prétexte. Le contexte véritable était que la position de Galilée a été écrasée au moment où elle aboutissait à une conséquence pratique : la séparation de la science et de l’Église.

Au-delà de la question de l'héliocentrisme, il y a la même question que celle posée par l'averroïsme : la science peut-elle parvenir de manière autonome à la vérité ?