L'intérêt de Lynn Margulis pour les bactéries fait en réalité partie d'un système de pensée bien plus général que ce dont il a été question dans les articles précédents. En effet, l'un de ses grands domaines d'étude a été l'évolution de la vie.

Et dans ce domaine, Lynn Margulis ne rejette pas les apports de Charles Darwin. Dans de nombreux articles, elle prend le temps de réexpliquer précisément en quoi consiste son idée majeure, à savoir que tous les êtres vivants sont liés puisque toutes les espèces descendent de prédécesseurs reliés.

Dans cet optique, son grand apport est la « sélection naturelle ».

Lynn Margulis décrit la théorie de l'évolution de Charles Darwin comme suit :

« L'Évolution n'est pas un simple fait, elle dépend de quatre processus observables.

Tout d'abord, la vie requiert un flux incessant d'énergie et de matière pour survivre.

Ensuite, un potentiel biotique spécifique par espèce, une quantité mesurable, est assignable : le nombre d'enfants qui, en principe, peut être produit par génération. Une femme humaine a le potentiel d'avoir 20 à 25 enfants. Une seule cellule d'Escherichia coli qui double en 20 minutes peut potentiellement atteindre la taille de la population sur Terre en moins d'une semaine !

Troisièmement, comme indiqué par Malthus, toutes les populations grandissent à des taux plus rapides que leur environnement immédiat ne peut entretenir. Ce que Darwin appelle la sélection naturelle est simplement le processus d'élimination : faire que jamais 100 % de la descendance ne survive pour se reproduire à 100 %. Et, finalement, les descendances ne sont pas identique à leur(s) parent(s) ; le changement hérité (génétique) est facilement mesurable. »

Lynn Margulis, Discours à l'Université Autonome de Barcelone (2007)

Les deux derniers mécanismes sont les plus connus et les plus marquants de Charles Darwin. Il explique donc que de légères différences apparaissent chez les enfants par rapport à leurs parents et que parmi tous les individus vivants, une sélection est effectuée. C'est la célèbre notion darwinienne de la « survie du plus apte ».

Lynn Margulis précise que cette notion fait l'objet de nombreuses déformations. Elle insiste en effet sur le fait que voir l'évolution comme une compétition meurtrière entre les individus ne correspond pas à ce que Charles Darwin voulait transmettre.

Pour clarifier sa position sur la question, elle explique :

« L'idée couramment répandue selon laquelle l'évolution est une lutte sanglante où seuls survivent les plus forts fait partie de ces idées fausses. « La survie du plus apte », expression inventée par le philosophe Herbert Spencer (1820-1903), a servi de prétexte à des industriels de la fin du XIXe siècle pour justifier des pratiques indignes tel le travail des enfants, des salaires misérables ou des conditions de travail abrutissantes.

Détournée de sons sens pour dire que seuls les plus impitoyables gagnent dans la « lutte pour l'existence », cette phrase signifiait implicitement que l'exploitation était acceptable moralement, puisqu'elle faisait partie de la nature.

Darwin aurait été consterné d'une telle déformation de ses idées. Il avait employé l'expression de Spencer, « la survie du plus apte », sans se référer aux gros muscles, ni aux habitudes prédatrices, ni au fouet du maître, mais au nombre des descendants. L'adaptation, en termes d'évolution, est synonyme de fécondité. Le point important n'est pas d'infliger la mort, qui est inévitable, mais de propager la vie, ce qui l'est beaucoup moins. »

Lynn Margulis & Dorion Sagan, L'univers bactériel (1986)

Cependant, plus tard, en 2007, dans son discours à l'Université Autonome de Barcelone, elle insiste également sur le fait que le vocabulaire utilisé par Charles Darwin (avec des termes comme « détruire » ou « exterminer ») est fortement orienté sur le registre de la compétition, voire de la lutte entre les individus.

Lynn Margulis semble ici se contredire. En réalité, ceci montre que si Charles Darwin n'a pas prôné explicitement le darwinisme social, il était toutefois présent en filigrane.

La raison en très simple : l'approche de l'évolution par Charles Darwin était incomplète. Lynn Margulis dit que :

« Même si le titre du grand livre de Darwin (1859) promettait une solution au problème des origines de la diversité biologique, il est reconnu que son travail explique bien mieux le maintien des espèces par la sélection naturelle que leur première apparition. »

Lynn Margulis, « Origins of species : acquired genomes and individuality » dans BioSystems n°31 (1993)

La théorie de Charles Darwin présente en effet une grosse lacune : elle n'explique pas comment la nouveauté apparaît chez les êtres vivants. Charles Darwin lui-même l'avouait : il était dans l'incapacité d'expliquer comment se produisait l'innovation dans le processus d'évolution.

Et c'est à ce grand vide que va remédier Lynn Margulis.

Cependant, de nombreux scientifiques ne vont pas suivre cette voie et prolonger le darwinisme pour développer le néo-darwinisme sans se soucier de cette lacune.