Pour résumer tous les précédents articles, on peut dire que la symbiogenèse est un processus par lequel un organisme va en ingérer un autre, formant un nouvel organisme qui garde les meilleures caractéristiques des deux anciens organismes. Ce processus fait que les « individus » ne sont pas isolés : les interactions sont nombreuses et, plus encore, ces interactions peuvent mener à des synthèses.

Les organismes n'évoluent pas seulement en se séparant – tel qu'on le représente habituellement dans les arbres d'évolution, avec des espèces se séparant en deux nouvelles espèces –, mais aussi en fusionnant.

Allant plus loin dans ce raisonnement, Lynn Margulis affirme :

« Bien que tout cela ne soit que spéculation, il est clair que toutes les espèces qui ont évolué ont co-évolué. »

Lynn Margulis & Dorion Sagan, L'univers bactériel (1986)

Elle explique en effet que :

« Ce n'est probablement pas une coïncidence si les premiers mammifères, pondeurs d’œufs au sang chaud et petits marsupiaux, datent presque exactement de la même période que les premières fleurs et s'ils se sont développés il y a environ 125 millions d'années. »

Ou encore que :

« Bien qu'ils forment un règne séparé, les champignons vivent dans l'intimité des plantes. Ils ont probablement évolué à partir d'une lignée de protistes qui absorbaient directement la nourriture à partir des algues, des plantes ou des animaux, morts ou vivants ; et les champignons ont, semble-t-il, coévolué avec les plantes lors de leur migration vers la terre. »

C'est cela qui fait que Lynn Margulis décrit la planète Terre comme un réseau d'écosystèmes, Lynn Margulis définissant le terme d'écosystème comme « la plus petite unité qui recycle les éléments biologiquement importants » dans son livre Planète symbiotique en 1998. Elle ajoute que la vie est un phénomène à l'échelle de la planète et que la planète est vivante depuis au moins 3 milliards d'années.

Cette façon de voir les êtres vivants comme toujours en interaction, et même dont l'existence est parallèle à l'évolution de la planète Terre n'est pas sans rappeler les conceptions de Vladimir Vernadsky. Lynn Margulis parle d'ailleurs de ce minéralogiste russe dans plusieurs de ses derniers ouvrages.

« Vernadsky s'est distingué des autres théoriciens par son refus constant de refuser d'ériger une catégorie spéciale pour la vie. Rétrospectivement, nous pouvons voir la valeur de ce point de vue ; parce que la vie est effectivement devenue une catégorie, les théoriciens de la vie ont cherché à concrétiser quelque chose qui n'existe pas en elle-même. La référence de Vernadsky à la « matière vivante » n'était pas un subterfuge rhétorique. En une attaque verbale habile, Vernadsky a coupé court à des siècles de fatras mystique attaché au mot « vie ». Il a tout fait pour considérer la vie comme une partie d'autres processus physiques et a utilisé invariablement le gérondif « vivant » pour souligner le fait que la vie était moins une chose qu'un événement, un processus. Les organismes, pour Vernadsky, sont des formes spéciales, décentralisées de minéral commun et d'eau. L'eau animée, la vie dans toute son humidité, montre un pouvoir de mouvement surpassant celui du calcaire, du silicate, et même de l'air. Elle façonne la surface de la Terre. Soulignant la continuité de la vie liquide et des roches, […] Vernadsky a noté la façon dont ces couches apparemment inertes sont des « traces du passé des biosphères ». »

Lynn Margulis & Dorion Sagan, What is life ? (2000)

On retrouve ici la même démarche que Lynn Margulis a adopté tout au long de sa carrière, en microbiologie, son domaine de prédilection, à savoir que vouloir séparer les choses et les phénomènes est une aberration scientifique.

Poussant cette réflexion jusqu'à son terme, Lynn Margulis insiste sur la place de l'être humain.

Elle aborde notamment le sujet de la « noosphère », ce concept développé par Vladimir Vernadsky comme la « couche pensante de la matière organisée se développant et changeant la surface de la Terre associée aux être humains et à la technologie ». Elle souligne que, pour Vladimir Vernadsky, la noosphère fait référence « aux êtres humains et à la technologie comme partie intégrante de la biosphère planétaire » – contrairement à la majorité des autres penseurs de son époque pour qui les êtres humains sont toujours considérés comme extérieurs à la biosphère, les êtres humains lui étant même supérieurs selon eux.

Lynn Margulis est ainsi une continuatrice de la réflexion de Vladimir Vernadsky, dans son domaine de la microbiologie : l'être humain est bien une partie de la biosphère puisqu'il ne constitue finalement qu'une synthèse formée de nombreuses bactéries.

Même le cerveau, l'organe souvent présenté comme celui qui a permis à l'être humain de s'élever au dessus de la Nature, est remis à sa place par Lynn Margulis : bien que l'hypothèse n'ait pas été validée de son vivant, elle affirmait que le cerveau lui-même n'est qu'un assemblage de bactéries à la forme particulière, les spirochètes.

Lynn Margulis a donc bâti une théorie de planète symbiotique, tout à fait en accord avec les conceptions de Vladimir Vernadsky, selon laquelle toutes les formes de matière, dont la vie, sont reliées, en interaction, évoluant vers toujours plus de complexité dans un processus continuel apportant la nouveauté par bonds.