Dans les quatre précédents articles, nous avons abordé la question de l'origine des mitochondries, des chloroplastes, des ondulipodes, du noyau et de la mitose comme le résultat d'une symbiose. Il faut bien noter que ces quatre étapes se sont déroulées dans un ordre bien précis.

Tout d'abord, le noyau et la mitose sont apparus, marquant la naissance du premier eucaryote. Ensuite, viennent les débuts des ondulipodes, puis des mitochondries et, enfin, des chloroplastes.

Lynn Margulis défend l'idée que la classification doit représenter les connaissances actuelles dans le domaine de la biologie et, plus précisément de l'évolution de la vie. Lynn Margulis a ainsi écrit plusieurs articles sur le seul thème de la classification. Et c'était un domaine qui avait bien besoin d'être dépoussiéré.

Elle explique, par exemple, qu'en 1967, il y avait encore des scientifiques pour défendre l'idée que, parmi tous les êtres vivants, la dichotomie première devait se faire entre les plantes et les animaux. Cette vision de la classification correspondait en fait à une conception particulière de l’évolution de la vie : il aurait existé un être vivant, l'« uralgue », qui était l'ancêtre commun à la fois des plantes, des animaux et des champignons.

Cette « uralgue » aurait été une algue sans chloroplaste et sans mitochondrie. Selon cette hypothèse, les champignons et les animaux seraient donc des descendants des plantes qui auraient perdu leurs chloroplastes. De plus, les champignons et les bactéries seraient des plantes inférieures.

On voit avec une telle conception, qui nous semble aujourd'hui totalement absurde, à quel point la classification n'est pas une chose anodine.

Pour son modèle de classification, Lynn Margulis reprend donc deux termes créés par le savant français Édouard Chatton et dont nous avons déjà beaucoup parlé : les eucaryotes et les procaryotes. Durant toute sa carrière scientifique, Lynn Margulis a défendu l'idée que la dichotomie première devait se faire entre les eucaryotes et les procaryotes (une dichotomie qu'avait d'ailleurs également posé Édouard Chatton).

En 1967, citant d'autres chercheurs, elle expliquait :

« Les différences nombreuses et fondamentales entre la cellule eucaryote et procaryote […] n'ont été pleinement reconnues que ces dernières années. En réalité, la divergence basique dans la structure cellulaire qui sépare les bactéries et l'algue bleu-vert de tous les autres organismes cellulaires représente probablement la plus grande discontinuité évolutionnaire simple que l'on peut trouver dans le monde vivant d'aujourd'hui. »

Lynn Margulis, « On the Origin of Mitosing Cells » dans Journal of Theoretical Biology n° 14 (1967)

Lynn Margulis propose donc un modèle possédant deux super-règnes : les eucaryotes et les procaryotes.

Ensuite, reprenant les travaux de Herbert Copeland qui, en 1961, proposait de diviser les êtres vivants en monera (les procaryotes), protistes, animaux et plantes ainsi que ceux de Robert Whittaker qui, en 1969, ajouta aux quatre règnes de Herbert Copeland le règne des champignons, Lynn Margulis suggère que le super-règne des eucaryotes se divise en quatre règnes : les protistes, les champignons (qui comprend également les moisissures et les levures), les animaux et les plantes.

Cependant, à partir de 1977, Carl Woese propose un autre modèle de classification dans lequel il n'y aurait non plus deux super-règnes (les eucaryotes et les procaryotes), mais trois : les archéobactéries, les eubactéries (ou « bactéries vraies ») et les eucaryotes. Les archéobactéries et les eubactéries sont tous deux des procaryotes, toutefois des différences entre les gènes d'ARN ribosomique ont poussé Carl Woese à séparer strictement ces deux ensembles de procaryotes.

Ce modèle s'est aujourd'hui largement imposé dans le domaine de la microbiologie. Il y a donc aujourd'hui une forte opposition entre les partisans du modèle de Carl Woese, dit le modèle de classification à trois domaines, basé uniquement sur l'analyse séquentielle de gènes et d'autres scientifiques qui le contestent.

Parmi ces derniers, on trouve le modèle de Lynn Margulis avec les deux super-règnes des eucaryotes et des procaryotes basé sur la discontinuité due à la survenue de symbioses entre les procaryotes pour donner naissance aux eucaryotes.

Il est à noter que, dans cette controverse, Lynn Margulis ne rejette pas l'idée de séparer les archéobactéries des eubactéries. Elle explique en effet que les procaryotes doivent rester un super-règne cohérent, pouvant accueillir les règnes des archéobactéries des eubactéries, et que, à cet égard, la classification de Carl Woese ne vient qu'obscurcir la classification des êtres vivants.

Mais Lynn Margulis va encore plus loin dans sa réflexion sur la classification des êtres vivants. Tout d'abord, la notion de classes en elle-même pose problème dans la mesure où des organismes symbiotiques peuvent appartenir à plusieurs règnes.

Le lichen, par exemple, également appelé champignon lichénisé, est un organisme composé d'un champignon, représentant 90 % de l'ensemble de l'organisme, et de cellules microscopiques possédant de la chlorophylle, qui peuvent être soit des algues vertes, soit des cyanobactéries, soit les deux. Le lichen est actuellement classé parmi le règne des champignons toutefois, rien n'empêche une remise en cause de cela.

Plus important encore, Lynn Margulis en a appelé à un changement radical dans la façon de faire les arbres de classification. En 1993, elle a ainsi proposé de schématiser la classification par des réseaux, et non plus par des arbres, ce qui permettrait de rendre bien compte des symbioses qui ont eu lieu par le passé.

Enfin, Lynn Margulis rappelle que, comme nos connaissances sont toujours plus poussées et que des symbioses continueront toujours de se dérouler, la classification est une science continuellement en mouvement et demandera constamment des révisions.