L'organisation militaire hussite s'appuya principalement sur une grande figure : Jan Žižka (environ 1360-1424).

Ayant fait ses armes en Pologne, sous le condottiere morave Jan Sokol de Lamberk, il était retourné à Prague et avait été nommé chambellan de la reine. En 1419, il avait pris part à la journée du 30 juillet et était devenu chef des armées hussites dès novembre 1419, volant de victoire en victoire avant de mourir de la peste bubonique en 1424.

C'est sa direction de l'utilisation de chariots par les masses en guerre qui fut l'un des phénomènes ayant le plus frappé lors des guerres hussites.

La tactique militaire organisée par Jan Žižka consistait en des manœuvres rapides d'une infanterie munie d'arquebuses et de canons, et bien entendu également de fléaux issus de l'agriculture pour les paysans, qui utilisaient des chariots pour le transport et pour la protection.

La ligne était alors de pratiquer un tir concentré, d'être mobile et de viser la contre-attaque après que l'ennemi ait tenté de percer le barrage des voitures.

L'armée hussite était extrêmement mobile et accordait une grande importance à la localisation de ses troupes dans un combat.

Cela nécessitait une discipline de fer bien entendu, qui fut établi en 1423 par Žižka dans un code militaire.

De plus, l'armée hussite avait organisé des communes, corps consultatifs où les soldats pouvaient exprimer leurs avis ; aux cotés des communes de chevaliers et de bourgeois, il y avait ainsi une commune de « travailleurs ».

Le moral des troupes était ainsi au plus haut ; d'autant plus que les « soldats de Dieu » étaient encadrés par des prêcheurs, motivant les troupes et rappelant les objectifs recherchés.

Jan Žižka était hautement apprécié ; après sa mort, la « légende » veut que ses soldats – qui s'appelèrent alors les « orphelins » - avaient constitué un grand tambour constitué de sa peau.

Et les chants jouaient un grand rôle lors des affrontements, pour élever le moral, mais également pour faire passer des messages tactiques en pleine bataille.

Voici quelques couplets de la chanson guerrière des Taborites :

« Vous qui êtes les combattants de Dieu,
et de sa loi,
Dieu suppliez pour qu'il vous aide
et en lui espérez, 
car avec lui toujours l'emporterez!

Christ vous vaut bien que dam ayez :
cent fois plus vous promet.
Qui pour lui donne sa vie
aura l'éternité.
Heureux les morts pour la vérité !

Ce Maître ordonne : point de crainte n'ayez
de ceux qui tuent le corps.
Il commande d'offrir sa vie
pour l'amour du prochain

Ça, donc, archers, piquiers
de l'ordre chevaleresque,
porte-fléaux, pertuisaniers
de peuple forts divers,
que chacun songe au Maître, à ses largesses!

(...)

Tout le mot d'ordre retenez,
lequel vous fut donné.
Et vos hetmans regardez 
et l'un l'autre vous secourez.
Veille chacun et tienne ferme son rang!

Et puis allègrement clamez:
Oh! Sus! Contre eux! Contre eux!
Votre arme étreignez 
et criez: Notre Maître, c'est Dieu! »

Cette sorte de guerre populaire avant l'heure est culturellement – historiquement formidable.