L'une des grandes faiblesses de la révolution taborite est de ne pas avoir su se lier aux gueux des villes. Mais, après l'écrasement du communisme taborite, Jan Žižka put réussir à collaborer avec Jan Želivský afin de combattre les villes de Bohême encore contrôlées par le patriciat et le haut clergé.

Le grand succès de l'opération amena la naissance de deux structures étatiques :

- la Fédération urbaine praguoise, conduite par Jan Želivský et regroupant les 21 principales villes de Bohême (Prague, Beroun, Slany, Louny, Kadan, Chomutov, Litomerice, Bela pod Bezdezem, Melnik, Kostelec nad Labem, Cesky Brod, Kourim, Nymburk, Kolin, Kutna Hora, Caslav, Chrudim, Vysoké Myto, Policka, Litomysl, Jaromer, Dvur Kralove) ;

- la Fédération urbaine taborite, avec des villes du Sud et de l'Ouest : Tabor, Pisek, Prachatice, Susice, Horazdovice, Klatovy, Domzlice.

Si la Fédération urbaine praguoise était la structure la plus puissante, Jan Žižka était le grand chef militaire. Il sauva la situation à Zatec et il organisa la victoire sur l'empereur Sigismond, qui avait momentanément repris Kutna Hora.

Devenu aveugle après la perte de son seul œil (il était borgne depuis la jeunesse), il devint une véritable légende.

Cette situation de stabilité provoquée par la victoire sur les croisades catholiques amena la bourgeoisie à faire à Prague ce qui avait été réalisé à Tabor, mais elle était face à un obstacle : le mouvement dirigé par Jan Želivský.

Faisant partie du conseil des Vingt nommés pour la Diète afin de gouverner le royaume de manière provisoire, Jan Želivský était le dirigeant plébéien de la capitale.

Il avait en effet banni de Prague les derniers patriciens et fait procéder à de nouvelles confiscations, il avait mené un soulèvement populaire le 30 juin 1421, modifiant la composition du conseil municipal de la vieille ville.

Et lorsqu'en septembre les croisés menèrent l'offensive depuis la Silésie, beaucoup de nobles se rallièrent à eux ; en réponse, Jan Želivský instaura la dictature militaire le 19 octobre 1421, afin de contrer une alliance des nobles hussites et catholiques.

La situation devenait intolérable pour la bourgeoisie qui voyait la fraction populaire-révolutionnaire urbaine se renforcer toujours plus.

Jan Želivský fut ainsi attiré dans un guet-apens à la mairie de la Vieille Ville et massacré le 9 mars 1422, la nouvelle n'étant pas répandue afin d'éviter un soulèvement populaire.

Avec le meurtre de Jan Želivský, la fraction hussite-conservatrice avait le champ libre, car l'idéologie populaire-révolutionnaire n'était pas cimentée, pas synthétisée ; elle pouvait par conséquent assumer entièrement le nouvel État, qu'il était également désormais possible d'unifier.

Lors de la diète de Caslav, réunie en juin 1421, vingt personnes furent ainsi chargées de gouverner provisoirement le pays : huit représentants de la fédération urbaine dont quatre bourgeois praguois, deux délégués de Tabor et encore s'agissait il des responsables militaires Jan Žižka et Zbynek de Buchov, et enfin cinq seigneurs et cinq chevaliers.

De son côté, la noblesse hussite tentait de négocier avec les seigneurs catholiques ; inversement, la bourgeoisie tentait de maintenir un rapport de force suffisant afin de maintenir ses positions, tout en acceptant le principe de négociation.

Les forces représentées par Jan Žižka, par contre, formaient une alliance artisans-petite noblesse avec un appui paysan ; ces classes n'avaient pas intérêt à un compromis. Jan Žižka allait dans le sens de l'union de cette alliance avec la bourgeoisie, à la fois contre les forces populaires-révolutionnaires radicales et contre les Pragois soupçonnés de collusion avec la noblesse catholique.

C'est également cette ligne intermédiaire qui fera que le révisionnisme en Tchécoslovaquie mettra en avant Jan Žižka comme le grand héros national, aux dépens des Taborites et surtout des Adamites – Picards, c'est-à-dire des communistes utopistes.

Jan Žižka rejoignit alors en Bohême orientale une nouvelle confrérie, les Orébites (du Mont Oreb formé parallèlement au Mont Tabor lors de la première vague révolutionnaire), ainsi qu'un Petit Tabor, dans la cité de Hradec Kralové.

Puis, il mena l'offensive contre Prague, afin d'écraser, lors de la bataille de Malesov en 1424, les seigneurs hussites et catholiques, obligeant la fédération urbaine à se rallier à lui. Jan Žižka décéda cependant le 11 octobre 1424.

A la mort de Jan Žižka, les Orébites prirent le nom d'orphelins, entrèrent en concurrence avec les táborites, ce qui manqua même de se transformer en guerre ouverte (paix de Vrsovice en 1425). Ce fut alors Procope le rasé – il ne portait pas de barbe, contrairement à ce qui était courant dans le mouvement – qui succéda à Jan Žižka.

Avec un quartier général à Kutna Hora, il parvint à unifier face à l'ennemi les troupes taborites, des orphelins et des troupes praguoises lors de l'écrasement de la croisade conduite par le cardinal anglais Henry de Winchester. Les forces catholiques avaient alors tenté d'utiliser également des chariots, au nombre de 10 000, mais cela ne suffit pas face à la détermination hussite.

Par la suite, Procope le rasé participa aux négociations avec les forces catholiques à Presbourg / Bratislava, exigeant de l'empereur Sigismond l'application des Quatre articles de Prague, et expliquant :

« Les Tchèques ont tiré l'épée pour défendre les vérités de Dieu et ils ne la remettront au fourreau qu'après avoir gagné tout le monde à ce programme. »

Devant le refus catholique, l'armée hussite pris les devants, et à partir de 1426 elle franchit les frontières, attaquant les pays allemands, l'Autriche, la Hongrie, empêchant de nouvelles croisades et affaiblissant la féodalité dans les pays voisins, avec également une large propagande.

La Hongrie était un bastion catholique, avec également la Bohême du Sud où la ville de Budejovice et les grands domaines des seigneurs Rozmberk présentaient une grande menace militaire, associée à la ville fortifiée de Plzen, ainsi qu'aux villes fortifiées de Moravie telles qu'Olomouc, Jihlava, Znojmo et Brno.

Lors des invasions hussites, les cures, les monastères, les églises et les manoirs étaient systématiquement visés, avec la recherche de l'appui des paysans ; l'armée hussite parvint à contrôler toute la Silésie.

Lorsque les patriciens allemands de Breslau envoyèrent des troupes contre la pénétration hussite dans cette dernière région, celles-ci refusèrent de se battre, alors qu'un grand nombre de valets de fermes et de paysans allemands passèrent dans le camp hussite.

La Chanson sur la victoire de Domazlice, composée en 1431 par Laurent de Brezova, témoigne de l'esprit conquérant et universaliste de l'imaginaire hussite :

« Et alors l'épée se changera en charrue

et en faucille le javelot, Dieu l'a promis,

les armes ensuite seront fondues

en cloches qui nous salueront.

Plus nation le glaive ne brandira,

plus guerre à sa voisine ne fera,

car de paix jolie et de vie côte à côte

s'iront tous avec tous réjouissant. »