Le problème historique du positionnement de Martin Luther, c'est que la paysannerie était déjà en mouvement et qu'avec une figure comme Thomas Müntzer capable de synthétiser ses exigences historiques, même à travers la théologie, le mouvement prenait une tournure insurrectionnelle.

L'une des prémisses les plus connues fut, dans le Wurtemberg en 1514, le soulèvement de l'Arme Konrad, le « pauvre Konrad », organisation clandestine de défense des simples gens, avait déjà été écrasé par le sang, 1700 paysans se faisant torturer et assassiner, Reinhard Gaisser émergenant comme figure révolutionnaire au cours de ce processus.

On avait affaire là à une tendance historique, une révolte anti-féodale qui ne pouvait pas temporiser avec les calculs de Martin Luther d'une réforme traversant les institutions.

Voici une carte montrant les conflits de classe dans les pays allemands, de 1470 à 1571. 

Les carrés désignent les conflits entre la bourgeoisie et le patriciat, les losanges les oppositions frontales ente villes et noblesse, les ronds ces deux formes.

Les pointillés désignent les révoltes paysannes, les rectangles debout les soulèvements paysans.

Voici une carte présentant le cadre de la guerre des paysans pour l'année fatidique 1525.

Voici une autre carte, montrant les points de départ du soulèvement en rouge, et leur étalement en de plus en plus brun.

Le premier affrontement se déroula alors le 13 décembre 1524 à Donaueschingen, entre les villes de Villingen et de Hüfningen. Les paysans affrontèrent les troupes des féodaux et des patriciens, leur mouvement combinant des révoltes locales contre les féodaux d’un côté, d’autres luttes en faveur de la libération de prédicateur de l’autre.

Le 26 mars 1525, une première résidence fut attaquée, celle du château Schemmerberg près de Biberach, suivent l’abbaye de Kempten, le château de Liebenthann, les révoltes se généralisant unissant des groupes allant de 800 à 4000 hommes en armes, voire 18 000 en Alsace comme lors de la bataille de Saverne.

Cependant, une première grande défaite eut lieu face à la noblesse utilisant comme troupes les lansquenets, des mercenaires, début avril à Leipheim, près d'Ulm, où 1000 paysans furent tués, 4000 autres prisonniers.

La clef de la défaite est le manque d'organisation, d'effort prolongé, et surtout l'absence de cavalerie. Il n'en existait qu'une : on a ainsi le noble Florian Geyer qui choisit le camp des paysans, qui se mit aux côtés de la « compagnie claire », c'est-à-dire les paysans, avec une « compagnie noire » de 200 cavaliers, formée de paysans formés et de chevaliers désargentés devenus mercenaires et rejoignant la cause.

Mais cela ne put pas suffire. Une autre défaite eut lieu au milieu du même mois en Souabe, où 12 000 paysans cessèrent la lutte en échange d'un contrat dit de Weingarten, leur assurant de meilleurs droits.

Au même moment pourtant, plusieurs milliers de paysans se rassemblaient près de Stuttgart ; des monastères étaient pillés en plusieurs endroits, des châteaux détruits, comme celui de Hohenstaufen réduit en cendres le 29 avril.

L'absence de centre dirigeant organisé et d'unification politique rendait le mouvement centrifuge et dispersant ses forces.

Différentes situations d'alliance existaient qui plus est. Ainsi, les paysans autour de Nördlingen furent en mesure de prendre la ville avec l'aide du camp plébéien de celle-ci, Anton Ferner devenant le maire.

A Rothenburg, la situation fut plus ambivalente : si les patriciens furent renversés par le même type d'alliance, conduit par un aristocrate, Stefan von Menzingen qui devint maire, la bourgeoisie locale qui profitait en fait de l'exploitation des paysans n'apporta pas de réel soutien.

Un épisode de cette offensive, toutefois, fut particulièrement marquant. Si le mouvement paysan le remit immédiatement en cause, considérant que la démarche avait été trop brutale, cela n'en restait pas moins d'une grande portée symbolique.

Il s'agit du massacre commis dans la ville de Weinsberg, le 16 avril 1525. Le château du comte Ludwig von Helfenstein fut brûlé et les bourgeois durent ouvrir la ville pour permettre aux 6000 paysans révoltés de capturer la noblesse locale, qui fut tuée.

La manière dont elle le fut choqua énormément, dans la mesure où cela fut avec le supplice des pics, les nobles devant passer entre des rangées de paysans les frappant au moyen de ces armes, un châtiment normalement réservé au « bas-peuple » avec des bâtons.

Lorsqu'il fut capturé par la suite, le chef paysan de cette opération, Jäcklein Rohrbach, fut le 21 mai 1525 enchaîné à un poteau entouré de flammes, afin d'être rôti vivant.

A cette date, le mouvement paysan s'était déjà pratiquement effondré, de par sa faiblesse militaire. Les paysans se faisaient littéralement massacrés, sans réelles pertes dans le camp ennemi.

Une importante défaite fut d'abord celle de Böblingen le 12 mai, la compagnie chrétienne claire étant totalement battue. Son chef Matern Feuerbacher fut capturé deux ans plus tard, mais eut le droit de s'exiler en Suisse pour avoir sauvé la vie de princes, étant l'un des chefs cherchant à trouver une voie de négociation.

Paradoxalement, le même jour, un parlement paysan s'était formé à Heilbronn ; son initiateur fut Wendel Hipler, qui réussit l'union des paysans du Rhin, de Souabe et d'Alsace.

En Thuringe, la ville de Stadtilm fut prise fin avril 1525 par l'Union fraternelle évangélique, ce qui eut un écho régional immense ; des revendications paysannes et bourgeoises furent rédigées et amenées à Arnstadt, où le comte les accepta, avant de par la suite les rejeter une fois les troupes dispersées, en profitant pour tuer quelques dirigeants paysans.

Entretemps s'était en effet produit la défaite la plus importante, celle de Frankenhausen.

Le premier mai, Thomas Müntzer était aux côtés des paysans révoltés à Eichsfeld, puis mouvement fut fait vers Frankenhausen à partir du 10 mai. Toutefois, si le 14 mai les premiers accrochages furent favorables aux paysans, leur défaite fut complète le lendemain.

Arrêté, Thomas Müntzer fut amené au château de Heldrungen, torturé, pour être finalement exécuté le 27 mai, aux côtés de Heinrich Pfeiffer. On lui attribue les paroles « Omnia sunt communia », « toutes les choses sont en commun », symbole horrible pour les puissants de l'expression communiste de Thomas Müntzer.

Après la défaite de Frankenhausen, ce fut celle du 3 juin à Meiningen, puis celle du 4 juin à Würzbourg.

8 000 paysans furent massacrés en deux heures, alors qu'ils étaient 18 000 encore le 23 mai à prendre la ville de Fribourg-en-Brisgau, mais une minorité seulement suivit Hans Müller, dit von Bulgenbach, qui voulait aider des troupes paysannes assiégées du théologien Hans Rebmann.

De plus, le chevalier Götz von Berlichingen, très connu pour ses batailles et qui avait rejoint les paysans, les trahit à ce moment précis, pour être pardonné par le régime par la suite. Hans Müller, lui, fut capturé en 1526 et tué après 40 jours de torture.

Les 23 et 24 juin eurent lieu les défaits de Pfeddersheim. Les troupes restantes furent défaites à Griessen le 4 novembre 1525 ; Hans Rebmann eut ses yeux arrachés à la cuillère, parvenant toutefois à rejoindre ensuite les protestants suisses, étant juste à la frontière.

Un des derniers avatars fut le soulèvement à Salzburg du dirigeant tyrolien Michael Gaismair, qui après la défaite en 1526 rejoignit le mouvement démocratique italien.