Pour comprendre la dynamique autonome de l'Église catholique et de ses « saints », il faut saisir qu'au cœur du baroque, on a un mouvement extrêmement bien organisé, une sorte d'élite, une armée prête à mener la bataille idéologique : la « Compagnie de Jésus ». Ses membres sont appelés les « jésuites » et ce sont eux qui sont à l'origine de la première église baroque, l'église du Gesù à Rome.

Outil essentiel de la « reconquête » idéologique des masses, les jésuites sont des cadres formés au cours d'un long processus – une quinzaine d'années –, dans un parcours extrêmement dur sur le plan des enseignements (sciences, religion, etc.) et humain, les trois « vœux » consistant en l'occurrence en la pauvreté, la chasteté et l'obéissance au supérieur.

On est là dans une abnégation complète, et ces trois « vœux » sont d'ailleurs symbolisés par pas moins que trois clous perçant un cœur, sous le monogramme latin Jesus Hominum Salvator (Jésus sauveur des hommes), surmonté d'une croix, le tout servant de symbole des jésuites.

Cela donne le ton et la « Compagnie de Jésus », fondée en 1539, dispose déjà en 1773 de 23 000 membres, avec 800 résidences, 700 collèges, 30 missions, participant en première ligne à la reconquête des masses, ainsi qu'à l'évangélisation, hors d'Europe.

Car chaque jésuite a une « mission », celle de renforcer l’Église, tant dans son emprise que dans son idéologie, en suivant précisément les décisions des cadres de la compagnie, organisme ultra-hiérarchisé et entendant tout mettre au point  pour assumer sa propre devise : « Ad majorem Dei gloriam » (Pour la plus grande gloire de Dieu).

L'un des cofondateurs des jésuites, François Xavier, a ainsi « lancé » l'évangélisation en Inde et en Extrême-Orient ; mort en Inde de maladie, il est depuis le « saint patron » des « missions », et son bras droit devint une relique dès le début du XVIIe siècle, étant placée dans un reliquaire de l'église du Gesù.

La figure centrale de la compagnie fut par contre l'espagnol Ignace de Loyola, qui avec quelques autres personnes fonda celle-ci dans l'église Saint-Pierre de Montmartre, qui se situe juste derrière le Sacré-Cœur à Paris. En fait, ce dernier fut construit après la Commune de Paris afin de célébrer sa défaite, le symbole du  « cœur sacré » de Jésus relevant précisément de l'idéologie offensive du baroque, des jésuites, simplement transposé dans un contexte nouveau.

C'est un effet tout à fait logique qu'Ignace de Loyola (1491-1556) fut canonisé, en mars 1622, en même temps que le missionnaire jésuite François Xavier (1506-1552), mais aussi Thérèse d'Avila (1515-1582) : cette dernière fut l'une des principales figures mystiques de l'époque.

Canoniser ces trois figures du XVIe siècle, c'est affirmer la « Contre-Réforme », l'offensive anti-protestante et anti-humaniste.
Sont ici incontournables les « Exercices spirituels » proposés par Ignace de Loyola ; le titre est expliqué au début de l'oeuvre de la manière suivante :

« Par ce terme d’exercices spirituels, on entend toute manière d’examiner sa conscience, de méditer, de contempler, de prier vocalement et mentalement, et d’autres opérations spirituelles, comme il sera dit plus loin. De même, en effet, que se promener, marcher et courir sont des exercices corporels, de même appelle-t-on exercices spirituels toute manière de préparer et de disposer l’âme pour écarter de soi toutes les affections désordonnées et, après les avoir écartées, pour chercher et trouver la volonté divine dans la disposition de sa vie en vue du salut de son âme. »

Il s'agit ici de proposer une « retraite » de quatre semaines afin de « s'imprégner » de la vie de Jésus : en réalité, on est là dans l'affirmation d'une « mystique » catholique, pour faire face au rationalisme du protestantisme et de l'humanisme.

Voici un exemple d'exercice quotidien :

« Examen particulier et quotidien

Il comprend trois temps et deux examens de conscience chaque jour.

24 Le premier temps est le matin. Aussitôt qu'on se lève, on doit se proposer de se tenir soigneusement en garde contre le péché ou défaut particulier dont on veut se corriger et se défaire. 

25 Le second temps est après le dîner. On commencera par demander à Dieu, notre Seigneur, ce que l'on désire, c'est-à-dire la grâce de se souvenir combien de fois on est tombé dans ce péché ou défaut particulier, et celle de s'en corriger à l'avenir; puis on fera le premier examen, en se demandant à soi-même un compte exact de ce point spécial, sur lequel on a résolu de se corriger et de se réformer. On parcourra donc chacune des heures de la matinée, que l'on peut aussi diviser en certains espaces de temps, selon l'ordre des actions, en commençant depuis le moment du lever jusqu'à celui de l'examen présent; puis on marquera sur la première ligne de la lettre J autant de points que l'on est tombé de fois dans ce péché ou défaut particulier. Enfin, on prendra de nouveau la résolution de s'amender du premier au second examen. 

26 Le troisième temps est après le souper. On fera le second examen, aussi d'heure en heure, en commençant depuis le premier, puis on marquera sur la seconde ligne de la même lettre J autant de points qu'on est tombé de fois dans le péché ou défaut particulier dont on travaille à se corriger.

Quatre additions

Dont l'observation aidera à se corriger plus promptement du péché ou défaut de l'examen particulier.

27 Première addition. Elle consiste, chaque fois que l'on tombe dans le péché ou défaut de l'examen particulier, à porter la main sur la poitrine en s'excitant intérieurement à la douleur: ce que l'on peut faire, même en présence de plusieurs, sans être remarqué. 

28 Deuxième addition. Comme la première ligne de la lettre J indique le premier examen, et la seconde le second, on observera le soir, en comparant la première et la seconde ligne, s'il y a amendement du premier au second examen. 

29 Troisième addition. Comparer le second jour avec le premier, c'est-à-dire les deux examens du jour présent avec les deux du jour précédent et voir si d'un jour à l'autre on s'est corrigé. 

30 Quatrième addition. Comparer également une semaine avec l'autre et voir si, dans la semaine qui vient de s'écouler, le progrès a été plus notable que dans la semaine précédente. 

31 Il faut remarquer que les premières lignes J, qui sont les plus longues, marquent le dimanche; les secondes, qui sont plus courtes, le lundi; les troisièmes, le mardi; et ainsi de suite. 
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Avec les jésuites, la réaction catholique avait la base idéologique et militante pour son offensive baroque.