En quoi fut-il intéressant pour Port-Royal de s'appuyer sur René Descartes face aux jésuites ? Eh bien, l'accusation contre les jésuites tenait à ce qu'ils adaptent leurs règles selon les gens.

Or, ils se référent pour cela à la scolastique, c'est-à-dire la logique développée à partir des écrits d'Aristote. Il était donc nécessaire à Port-Royal d'expliquer que les jésuites tronquaient les définitions, que leur « casuistique » était incohérente.

Port-Royal prétendait rétablir le caractère uni de la religion ; en fait, ce discours sur l'unicité religieuse est typique du fondamentalisme. Port-Royal a un contenu qui est éminemment fondamentaliste, depuis les pratiques des solitaires jusqu'à la négation de la science, en passant par l'idéalisation des premiers chrétiens et la démarche sectaire sur le plan de la gestion des individus.

La Logique ou l'art de penser est une œuvre qui vise ainsi à manipuler les individus, dans le sens clérical-féodal, sans passer par l'acceptation relative de la science des jésuites. C'est une œuvre d'asséchement intellectuel, absolument sectaire.

L’œuvre commence par un passage intitulé « logique », tentant de définir la problématique : on lit alors :

« La logique est l'art de bien conduire sa raison dans la connaissance des choses, tant pour s'instruire soi-même que pour en instruire les autres.

Cet art consiste dans les réflexions que les hommes ont faites sur les quatre principales opérations de leur esprit, concevoir, juger, raisonner et ordonner. »

Cette perspective est absolument idéaliste, comme le montre la précision suivante :

« Comme nous ne pouvons pas avoir aucune connaissance de ce qui est hors de nous que par l'entremise des idées qui sont en nous, les réflexions que l'on peut faire sur nos idées sont peut-être ce qu'il y a de plus important dans la logique, parce que c'est le fondement de tout le reste. »

C'est là un idéalisme complet, qui nie la réalité, arguant que ce qui est vrai ce sont les raisonnements qu'on peut effectuer dans notre esprit, au sujet de la réalité.

Aristote formait des catégories pour étudier le réel, dont il déduisait des choses en reliant les vérités, notamment avec le principe du syllogisme, dont le plus fameux est « Les hommes sont mortels, Socrate est un homme, donc Socrate est mortel ».

Port-Royal ne reprend que la forme, ne faisant d'ailleurs pas ici différemment des jésuites. En voici un exemple donné dans le manuel de logique qu'est L'art de penser :

« Tous ceux qui sont à JESUS-CHRIST crucifient leur chair :

Tous ceux qui mènent une vie molle et voluptueuse ne crucifient point leur chair ;

Donc nul d'entre eux n'est à JESUS-CHRIST. »

La logique de Port-Royal réfute absolument la notion de catégories au sens matérialiste. Elle ne s'intéresse qu'aux raisonnements, dont selon elle les propositions, les affirmations, sont une expression.

C'est l'inverse d'Aristote : ce dernier raisonne à partir de généralisations, d'affirmations induites de la réalité, et utilise la déduction uniquement à partir des résultats obtenus d'abord.

Les jésuites tentaient de masquer leur contenu idéologique en le faisant passer, en contrebande, pour scientifique. Port-Royal, de son côté, rejette cela, au nom d'une religion pure en soi.

Cela fait que Port-Royal déduit la réalité en affirmant des choses à partir de raisonnements et seulement de raisonnements, au nom d'une vérité sentie dans le coeur, suivant « Saint » Augustin.

C'est le même principe de la démonstration mathématique que René Descartes, appliqué au spiritualisme religieux.

On a donc, selon Port-Royal, « l'âme » qui formerait les sens, même si ces derniers peuvent parfois « exciter » l'âme en ce sens. C'est exactement le même découpage âme – esprit/corps que René Descartes, qui est même cité comme référence avec son « je pense, donc je suis ».

Cependant, l'orientation est ensuite religieuse: Descartes appelle à la pratique, Port-Royal à nier celle-ci.