Ce qui caractérise la cladistique, c'est le principe de « constatation ». L'une des grandes thèses petits-bourgeoises, c'est l'indépendance des « niches écologiques » par rapport aux individus vivant de manière isolée.

La cladistique constate alors qu'une espèce ayant disparu, des individus d'une autre espèce prennent la place. Il n'y a aucun aperçu général, aucune analyse matérialiste de la réalité, d'ailleurs il n'y a pas de réalité, il n'y a plus que des individus.

Le matérialisme dialectique part de la biosphère comme ensemble et cherche à comprendre comment les êtres vivants ont été disposés au sein de cet ensemble.

Puisque les êtres vivants sont de la matière, l'existence de cette matière dépend de la biosphère qui lui permet d'être vivante, de disposer de plus ou moins de quantité de matière, de qualités c'est-à-dire de caractères dans un environnement donné.

La cladistique supprime totalement cette perspective. Elle réfute la possibilité de la science, d'une compréhension générale. Elle considère qu'il n'y a que des rapprochements qui peuvent être constatés. On reconnaît ici l'esprit absolument pragmatique de la bourgeoisie décadente.

La cladistique dit en pratique la chose suivante : l'esprit de classification de l'époque des Lumières, de la bourgeoisie progressiste, n'est pas mauvais en soi, mais les thèmes sont trop nombreux, on ne peut pas classifier en général : il y a par exemple la science de l'astronomie et la science de la biologie, dont les classifications ne se superposent pas ; par conséquent, tout est relatif.

A ce faire, la cladistique oppose de manière fictive le fait de « trier » au fait de « classer ». En effet, la cladistique est néo-darwiniste : elle considère qu'il y a toujours une « source » individuelle.

Quand on trie, on sépare des éléments qui ont des caractères de ceux qui n'en ont pas. C'est effectivement très mécanique, et c'est typique des limites de l'esprit des Lumières. Toutefois, au lieu d'opposer à cela la dialectique, la cladistique y oppose une classification où l'on cherche une « source » avec des caractères et on regarde qui d'autres les a, pour regrouper alors le tout.

C'est là une conception néo-darwiniste, puisqu'on cherche la « source » avec des caractères, puis des éléments qui ont encore des caractères propres à cette source, ainsi que d'autres caractères issus de l'évolution.

Ce n'est pas tout : la cladistique refuse toute interprétation, à l'opposé du darwinisme pour qui l'évolution a un sens, un seul sens. Les darwiniens ont considéré les fossiles comme des ancêtres : la cladistique s'y refuse, car elle ne considère pas que l'évolution a un « sens ». Elle prend donc les êtres représentés par les fossiles… comme s'ils étaient vivant actuellement !

La cladistique amasse les êtres en les rapprochant, sans poser aucun lien de conséquence historique, sans jamais poser de cadre. Il n'y a plus de cadre, car il y a une « source » : un être à l'origine.

On retrouve ici le même principe qu'on trouve dans la linguistique bourgeoise, avec le principe de la langue unique d'origine, la langue « source ». L'histoire ne joue plus aucun rôle, tout est conçu selon le principe de la « source ».

La cladistique rejette donc ce qu'elle considère comme une « systématique éclectique ». Sur le site « Vie, site ressource en Sciences de la Vie - ENS / DGESCO / UPMC » (Ecole Normale Supérieure, Direction Générale de l'Enseignement SCOlaire, Université Pierre et Marie Curie), tout ce qu'il y a de plus officiel donc, et destiné aux enseignants de SVT, la « systématique éclectique » est présentée ainsi :

« Ecole traditionnelle de la systématique évolutionniste classant les êtres vivants sur la base des « affinités évolutives » (la phylogénie) autant que sur la base des « sauts adaptatifs », lesquels prenaient en compte à la fois le « degré de complexité » et des critères écologiques. Cette école admettait comme valides les groupes paraphylétiques et les groupes monophylétiques. »

Comme on le voit, la cladistique rejette ici le sens de l'histoire, le fait que l'évolution va vers davantage de complexité, au moyen de sauts, qu'il n'y a pas de retour en arrière possible. Le matérialisme dialectique ne dit pas autre chose, justement : en rejetant la « systématique éclectique », c'est le matérialisme dialectique qui est rejeté.

La phrase au sujet de cette « ancienne » école considérant « comme valides les groupes paraphylétiques et les groupes monophylétique » est très importante, car cela signifie que l'école « ancienne » regroupait les éléments, en mettant possiblement de côté certains autres éléments partis dans une autre direction.

La cladistique rejette le principe et place systématiquement la « source » avec tous les autres éléments qui en seraient issus, obligatoirement. C'est le principe même de saut qualitatif qui est rejeté.