Héraclite est une figure importante de l'antiquité grecque, car il va tenter une fuite en avant qui va redonner de l'impulsion à la « philosophie ». Il avait en effet conscience que les efforts de l'école ionienne ne pouvaient qu'aboutir à l'athéisme par les sciences naturelles.

Partant de là, il tenta de relancer le concept de Dieu, en expliquant que ce qu'était Dieu c'était le principe même du changement. Comme Dieu est tout, le changement est tout, jusqu'au nihilisme. Héraclite est ainsi connu pour son expression à la fois dialectique et incompréhensible, puisque selon lui tout est tout le temps en contradiction et c'est donc également le cas de toute affirmation, y compris par Héraclite lui-même.

Cela donne des choses comme :

« C'est une même chose qu'être vivant et mort, éveillé et dormant, jeune et vieux. Ces choses sont changées les unes dans les autres et de nouveau changées. »

« Ce qui s'oppose coopère, et de ce qui diverge procède la plus belle harmonie, et la lutte engendre toutes choses. »

« Joignez ce qui est complet et ce qui ne l’est pas, ce qui concorde et ce qui discorde, ce qui est en harmonie et en désaccord ; de toutes choses une et d’une, toutes choses. »

Dieu est ainsi le processus contradictoire lui-même, et donc l'univers en tant que tel obéit à cela en s'éteignant et en se rallumant :

« Ce monde (cet ordre du monde - cosmos), le même pour tous, aucun des dieux, aucun des hommes ne l'a fait, mais toujours il a été, est et sera, feu toujours vivant, allumé selon la mesure, éteint selon la mesure. »

Il y a ici nombre d'intuitions par rapport au matérialisme dialectique, qui doivent interpeller. Toutefois, ce qui est central ici, est que Héraclite « sauve » Dieu en en faisant le changement en tant que tel de la réalité. Là où Parménide supprime la matière pour faire un « Dieu » toujours semblable à lui-même, Héraclite utilise une matière toujours changeante pour former un « Dieu » dont le principe essentiel est toujours le même.

Voici comment Aristote présente, de manière critique, la perspective établie par Héraclite. En effet, si tout change tout le temps, alors par définition il n'est plus possible de ne rien dire, puisqu'en fait il faut parler sans arrêt en se contredisant de manière ininterrompue.

« Mais je le répète, c'est en voyant que cette nature tout entière, que nous avons sous les yeux, est incessamment livrée au mouvement, et qu'il est impossible de savoir la vérité sur ce qui change sans cesse, que les philosophes ont été poussés à croire que l'homme ne peut jamais conquérir la vérité, au milieu de ce bouleversement perpétuel et général.

C'est là l'hypothèse qui fit fleurir la plus extrême de toutes les doctrines que nous venons de citer, celle des soi-disant disciples d'Héraclite, parmi lesquels il faut compter Cratyle, qui en était enfin arrivé à ce point de croire qu'il ne devait même pas proférer une seule parole, qui se contentait de remuer le doigt, et qui faisait un crime à Héraclite d'avoir osé dire « Qu'on ne pouvait jamais se baigner deux fois dans la même eau courante »; car, pour lui, il pensait qu'on ne pouvait pas même dire qu'on s'y baignât une seule fois. »

La position de Héraclite a ceci d'historique qu'elle clôt donc la perspective ouverte par l'école ionienne, tout comme Parménide clôt la perspective pythagoricienne. L'école ionienne a cherché à saisir la matière, mais celle-ci se transformant, on ne peut que tomber sur la transformation ininterrompue et donc à l'absence de définition.

Inversement, la recherche de l'origine du multiple dans les nombres ne peut aboutir qu'au culte de « l'un », qu'on imagine alors statique, unique, et en fin de compte silencieux, à l'opposé du « un » de Héraclite qui se modifie sans cesse.

C'est alors qu'intervient un autre philosophe, qui va réussir le pari de combiner les deux écoles en un nouveau système, dont la réussite va être gigantesque. Platon va reprendre à la fois la conception de Parménide et celle de Héraclite, pour former une nouvelle entité théorique politico-religieuse très élaborée.

Il va placer le « un » de Parménide dans un monde parallèle, au-delà du nôtre, au-delà de la physique (d'où le concept grec de « métaphysique », au-delà de la physique, pour parler du divin). Et il va placer le « un » de Héraclite au sein de notre monde.

Par conséquent, il existe ici des choses « pures » dans le monde parallèle, et notre monde n'est que le reflet imparfait de cet autre monde. Le monde des « idées » permet à notre monde d'exister.

Voici comment Aristote présente la perspective établie par Platon :

« À ces diverses philosophies succéda celle de Platon d'accord le plus souvent avec les doctrines pythagoriciennes, mais qui, quelquefois aussi, a ses vues particulières, et s'écarte de l'École Italique. Platon, dès sa jeunesse, s'était familiarisé dans le commerce de Cratyle, son premier maître, avec cette opinion d'Héraclite que tous les objets sensibles sont dans un écoulement perpétuel, et qu'il n'y a pas de science possible de ces objets. Plus tard il conserva cette même opinion.

D'un autre côté, disciple de Socrate, dont les travaux, il est vrai, n'embrassèrent que la morale, et nullement l'ensemble de la nature, mais qui toutefois s'était proposé dans la morale le général comme but de ses recherches, et le premier avait eu la pensée de donner des définitions, Platon, héritier de sa doctrine, habitué à la recherche du général, pensa que ses définitions devaient porter sur des êtres autres que les êtres sensibles ; car, comment donner une définition commune des objets sensibles, qui changent continuellement ?

Ces êtres, il les appela Idées, ajoutant que les objets sensibles sont placés en dehors des idées, et reçoivent d'elles leur nom ; car c'est en vertu de leur participation avec les idées, que tous les objets d'un même genre reçoivent le même nom que les idées. Le seul changement qu'il ait introduit dans la science, c'est ce mot de participation.

Les Pythagoriciens en effet disent que les êtres sont à l'imitation des nombres; Platon, qu'ils sont par leur participation avec eux : le nom seul est changé. »

L'allégorie de la caverne utilisée par Platon est également très connue. Des prisonniers, enchaînés, regardent des ombres sur le mur et pensent que c'est la réalité. En réalité, il s'agit de projections de marionnettes qui sont mises en mouvement derrière eux, à la lumière d'un feu. Et au-delà de la caverne, il y a le soleil, véritable réalité. Le philosophe s'arrache ainsi aux projections, pour passer par les chiffres (pythagoriciens), puis les idées, pour rejoindre le soleil, symbole de ce qui est toujours unique.

C'est l'idée de la réalité consistant en de la matière façonnée par des chiffres. Quant au « un », c'est ce qui a donné naissance aux chiffres, et c'est même pour Platon la seule chose qui existe vraiment : on retrouve la conception de Parménide et de son « un » qui ne change jamais.

On a un schéma à trois étages. Celui tout en bas s'appuie sur Héraclite et sa réalité qui change tout le temps, et le second est composé des « idées », qui sont en fait les combinaisons mathématiques formant la matière. Un exemple très connu de cette conception se retrouve dans la film Matrix, lorsque « neo » comprend qui il est et voit le couloir et ce qui s'y trouve comme s'il s'agissait de chiffres défilant. Tout en haut, équivalent au soleil de l'allégorie de la caverne, on retrouve le « un » de Parménide.