« On y arrivera si tous apprennent à user de livres non pas comme de canapés qu'on déplace à loisir et où il faut si bon sommeiller, mais comme de véhicules qui les transportent rapidement vers le lieu où ils doivent parvenir, vers la sagesse.

Ce n'est donc pas assez de posséder de bons livres ; on doit aussi les lire avec diligence ; et non seulement les lire, mais encore les comprendre comme il faut, s'imprégner de ce qu'ils contiennent et agir selon leurs préceptes. Pour que tous sachent faire tout cela dans la dernière étape de l'humanité, celle de la sagesse, ils devront se mettre sous la conduite de pédagogues universels. »

Comenius a compris que la cause hussite a échoué, et historiquement il vit au moment même où, lors de la bataille dite de La Montagne blanche en 1619, les forces catholiques et autrichiennes écrasent les forces de Bohême favorables au calvinisme et aux Tchèques. Il sait toutefois que la base nationale tchèque ne saurait être totalement brisée par l'empire autrichien et le catholicisme, aussi décide-t-il de contribuer à la nouvelle vague de la lutte à venir, par l'éducation.

Il le fait en situation d'exil, alors que la répression autrichienne et catholique se généralise, dans une orgie baroque et jésuite. Lorsque Comenius affirme qu'il faut faire en sorte que « toute la jeunesse de la nation entière apprenne à lire et à écrire », c'est là son but : soulever le pays tout entier, dans une cause démocratique consistant à abattre la domination autrichienne et l'obscurantisme catholique. C'est de là que vient son projet d'école généralisée.

Son œuvre intitulée Projet succinct pour le rétablissement des écoles dans le royaume de Bohême commence ainsi de la manière suivante :

« Le rétablissement glorieux et le bel épanouissement aux yeux d'autres nations, de l’Église, de l’État et de toute la nation de Bohême (quand il plaira à Dieu de restituer la souveraineté au peuple tchèque), auront à reposer sur une reconstruction sage et circonspecte de l'enseignement. »

Comenius va alors réfléchir et prévoir tous les niveaux éducatifs. On commence par l'école maternelle allant jusqu'à l'âge de six ans, puis on passe à l'école nationale, c'est-à-dire l'école primaire, jusqu'à l'âge de douze ans. Ces écoles doivent être présentes dans tout le pays, dans le moindre village.

Il y a ensuite l'école latine, où l'on apprend, jusqu'à dix-huit ans, les langues et les arts libéraux (grammaire, rhétorique, dialectique, arithmétique, musique, astronomie et géométrie). Il y a, enfin, l'Académie, où jusqu'à l'âge de vingt-quatre – vingt-cinq ans, on se spécialise dans un domaine (médecine, philosophie, jurisprudence, etc.), dans un cycle d'études comprenant deux – trois ans à l'étranger.

Comenius considère qu'il ne doit y avoir que deux heures de cours le matin et deux heures de cours l'après-midi, en raison de la nécessité de travailler dans les champs : c'est dire si son souci d'organisation est démocratique.

De la même manière, il considère que le cours doit consister tout d'abord en une explication d'un quart d'heure, ensuite en une discussion ou un jeu à ce sujet entre les élèves, puis finalement en une nouvelle intervention de l'enseignant pour effectuer des précisions et corrections.

Comenius insiste pour que cela soit le même enseignant qui enseigne toute l'année, aidé d'assistants vérifiant les cahiers, la discipline, ces assistants étant les élèves de la classe du niveau d'au-dessus.

On a là une insistance sur la nature démocratique de l'école, dans sa vie intérieure, et d'ailleurs c'est l’État central qui doit fournit les moyens matériels, Comenius demandant bien sûr qu'on cesse de financer les jésuites et les couvents. Il insiste également sur l'intégration des orphelins : dans sa démarche, absolument personne n'est oublié ; s'il y a des gens qui ont du mal à apprendre, il ne faut pas les rejeter, mais les aider collectivement.

Comenius dit ainsi :

« Le fait qu'il y ait des intelligences naturellement faibles et bornées n'est pas un obstacle, mais au contraire une obligation urgente de cultiver tous les esprits. Car, plus un enfant est intellectuellement faible et peu développé, plus il a besoin de secours pour se libérer de son engourdissement et se guérir de sa faiblesse. Il n'est pas possible de trouver un esprit si disgracié que la culture ne parvienne, peu à peu, à améliorer. »

Il faut également noter que Comenius appelle à une inspection des écoles : à chaque fois les religieux locaux, régionaux ou nationaux doivent inspecter les écoles relevant de leur niveau, l'évêque inspectant l'académie, les doyens de région s'occupant des écoles latines, etc. Or, dans la démarche religieuse de Comenius qui appartient aux Frères moraves issus du hussitisme, les responsables religieux sont élus par la base, par la population elle-même.

On a donc des écoliers qui s'auto-supervisent et qui sont contrôlés par la population elle-même, le savoir étant transmis de génération en génération. Il y a là un véritable modèle démocratique, d'esprit universaliste et collectiviste.

Enfin, soulignons la question féministe, s'opposant frontalement au catholicisme.

La question des femmes est bien entendu très importante. Comenius a ici une position tout à fait cohérente, affirmant qu'il faut arracher les femmes à l'infantilisme dans lequel on les a confinés. Il dit ainsi :

« Il n'est possible d'avancer aucune bonne raison pour priver le sexe faible (qu'on me permette de donner un avis aussi sur ce point) de l'étude des sciences et des lettres (qu'il s'agisse de l'enseignement en latin ou de l'enseignement donné en langue vulgaire).

En vérité, les femmes sont douées d'une intelligence agile et qui les rend aptes à comprendre la science et l'art comme nous, souvent même mieux que nous.

Pour elles, comme pour nous, est ouverte la voie des plus hautes destinées. Souvent elles ont été appelées à gouverner des Etats, à donner des conseils salutaires aux rois, aux princes, à exercer la médecine ou d'autres arts utiles au genre humain…

Pourquoi voudrions-nous les admettre seulement à l'a b c, puis les éloigner de l'étude des livres ? Craindrions-nous leur frivolité ? Mais plus nous leur apprendrons à réfléchir, moins elles seront frivoles, car la frivolité est généralement la conséquence du désœuvrement de l'esprit.

Nous devons laisser aux femmes la liberté de lire, sous réserve que ne leur soient pas donnés en pâture toute sorte d'ouvrages stupides et mal écrits (pas plus à elles qu'à la jeunesse de l'autre sexe ; et il est déplorable que ce mal jusqu'ici n'ait pas été évité avec plus de précaution). »