Après Prague, Thomas Müntzer se rendit notamment à Erfurt, Nordhausen, prêcha à Stoberg, participa à des colloques à Wittenberg et Weimar, puis alla dans le sud du pays.

A la fin de l'année 1522, il était à Glaucha, près de Halle, en tant que chapelain, avant de devoir partir et d'arriver à Allstedt, où il devint prêcheur à l'église de St Johannis à partir de mars 1523.

Suivant la ligne démocratique lancée à l'origine par Martin Luther, il organisa de profonds changements dès l’été 1523, avec la messe, des chants et des psaumes en allemand. Il expliquera à ce sujet :

« Il est insupportable que l’on prétende attribuer aux mots latins la force que leur prêtent les magiciens, et que le pauvre peuple sorte de l’église beaucoup plus ignorant qu’il n’y est entré. »

Il publia également une Adresse de Thomas Müntzer pasteur d’âmes à Allstedt, au sujet de sa doctrine et, pour commencer, de la véritable foi et du baptême [des adultes], et se maria avec une ancienne nonne, Ottilie de Gersen, avec qui il eut un fils.

La position de Thomas Müntzer n’alla pas bien entendu pas sans provoquer des contestations : le comte Ernst de Mansfeld interdit ainsi à ses sujets, composés notamment de mineurs, d’aller écouter les sermons faits à Allstedt, et demanda l'arrestation de Thomas Müntzer au prince électeur Frédéric le sage.

Thomas Müntzer sut mobiliser les masses, expliquant alors au peuple qu'il était prêt à assumer, mais que cela signifiait en même temps assumer la bataille contre les princes. Il envoya également, en tant que « destructeur des impies », une lettre au comte Ernst de Mansfeld lui-même, où il avertit notamment de la chose suivante :

« Le Christ dit, Luc 11 : « Malheur à ceux qui volent la clé de la connaissance de Dieu ». Or, la clé de la connaissance de Dieu, c’est de gouverner les gens de telle sorte qu’ils apprennent à craindre Dieu seul, Romains 13... Mais puisque vous voulez que l’on vous craigne plus que Dieu, ainsi que le prouvent votre action et votre mandement, c’est vous qui volez la clé de la connaissance de Dieu... Procédez donc avec douceur dans une affaire que le monde entier devra bien admettre et supporter. Ne tirez pas trop fort, sinon le vieil habit pourrait bien craquer ! »

La situation se durcit en raison de l'incendie d'une chapelle de pèlerinage à Mallerbach, le 24 mars 1524 ; face à la répression, l'agitation se produisit le 13 juin à Allstedt où les cloches furent sonnées, révélant une organisation militaire clandestine organisée par Thomas Müntzer.

Une enquête fut ouverte, une comparution devant les autorités de la Saxe annoncée. Le 13 juillet 1524, avant la comparution à Weimar, Müntzer prononce un Sermon aux princes à l’intention du prince électeur Jean er de Saxe et de son fils, au château d'Allstedt.

Le sermon prenait comme prétexte un songe du roi Nabuchodonosor expliqué par Daniel : où le prophète avertit le roi qu'il va être obligé de servir la cause religieuse, qui justement est selon Thomas Münzer, comme dit dans Daniel au septième chapitre :

« 26 Puis viendra le jugement, et on lui ôtera sa domination, qui sera détruite et anéantie pour jamais. 27 Le règne, la domination, et la grandeur de tous les royaumes qui sont sous les cieux, seront donnés au peuple des saints du Très-Haut. Son règne est un règne éternel, et tous les dominateurs le serviront et lui obéiront. »

Le livre de Daniel est le plus vieil ouvrage concernant l'apocalypse qu'on puisse trouver dans la Bible ; en s'appuyant dessus, Thomas Müntzer donnait un avertissement clair quant à son orientation : la haute noblesse devait plier.

Voici le second chapitre du livre de Daniel :

« 1 La seconde année du règne de Nebucadnetsar, Nebucadnetsar eut des songes. Il avait l'esprit agité, et ne pouvait dormir. 2 Le roi fit appeler les magiciens, les astrologues, les enchanteurs et les Chaldéens, pour qu'ils lui disent ses songes. Ils vinrent, et se présentèrent devant le roi. 

3 Le roi leur dit : J'ai eu un songe; mon esprit est agité, et je voudrais connaître ce songe. 

4 Les Chaldéens répondirent au roi en langue araméenne : O roi, vis éternellement ! dis le songe à tes serviteurs, et nous en donnerons l'explication.

5 Le roi reprit la parole et dit aux Chaldéens : La chose m'a échappé; si vous ne me faites connaître le songe et son explication, vous serez mis en pièces, Et vos maisons seront réduites en un tas d'immondices. 

6 Mais si vous me dites le songe et son explication, vous recevrez de moi des dons et des présents, et de grands honneurs. C'est pourquoi dites-moi le songe et son explication. 

7 Ils répondirent pour la seconde fois: Que le roi dise le songe à ses serviteurs, et nous en donnerons l'explication.

8 Le roi reprit la parole et dit : Je m'aperçois, en vérité, que vous voulez gagner du temps, parce que vous voyez que la chose m'a échappé. 9 Si donc vous ne me faites pas connaître le songe, la même sentence vous enveloppera tous; vous voulez vous préparer à me dire des mensonges et des faussetés, en attendant que les temps soient changés. C'est pourquoi dites-moi le songe, et je saurai si vous êtes capables de m'en donner l'explication. 

10 Les Chaldéens répondirent au roi : Il n'est personne sur la terre qui puisse dire ce que demande le roi; aussi jamais roi, quelque grand et puissant qu'il ait été, n'a exigé une pareille chose d'aucun magicien, astrologue ou Chaldéen. 11 Ce que le roi demande est difficile; il n'y a personne qui puisse le dire au roi, excepté les dieux, dont la demeure n'est pas parmi les hommes.

12 Là-dessus le roi se mit en colère, et s'irrita violemment. Il ordonna qu'on fasse périr tous les sages de Babylone. 13 La sentence fut publiée, les sages étaient mis à mort, et l'on cherchait Daniel et ses compagnons pour les faire périr. 

14 Alors Daniel s'adressa d'une manière prudente et sensée à Arjoc, chef des gardes du roi, qui était sorti pour mettre à mort les sages de Babylone. 15 Il prit la parole et dit à Arjoc, commandant du roi : Pourquoi la sentence du roi est-elle si sévère ? Arjoc exposa la chose à Daniel. 

16 Et Daniel se rendit vers le roi, et le pria de lui accorder du temps pour donner au roi l'explication. 17 Ensuite Daniel alla dans sa maison, et il instruisit de cette affaire Hanania, Mischaël et Azaria, ses compagnons, 18 les engageant à implorer la miséricorde du Dieu des cieux, afin qu'on ne fît pas périr Daniel et ses compagnons avec le reste des sages de Babylone.

19 Alors le secret fut révélé à Daniel dans une vision pendant la nuit. Et Daniel bénit le Dieu des cieux. 

20 Daniel prit la parole et dit : Béni soit le nom de Dieu, d'éternité en éternité ! A lui appartiennent la sagesse et la force. 21 C'est lui qui change les temps et les circonstances, qui renverse et qui établit les rois, qui donne la sagesse aux sages et la science à ceux qui ont de l'intelligence. 

22 Il révèle ce qui est profond et caché, il connaît ce qui est dans les ténèbres, et la lumière demeure avec lui. 23 Dieu de mes pères, je te glorifie et je te loue de ce que tu m'as donné la sagesse et la force, Et de ce que tu m'as fait connaître ce que nous t'avons demandé, de ce que tu nous as révélé le secret du roi.

24 Après cela, Daniel se rendit auprès d'Arjoc, à qui le roi avait ordonné de faire périr les sages de Babylone; il alla, et lui parla ainsi : Ne fais pas périr les sages de Babylone ! Conduis-moi devant le roi, et je donnerai au roi l'explication. 

25 Arjoc conduisit promptement Daniel devant le roi, et lui parla ainsi : J'ai trouvé parmi les captifs de Juda un homme qui donnera l'explication au roi. 26 Le roi prit la parole et dit à Daniel, qu'on nommait Beltschatsar : Es-tu capable de me faire connaître le songe que j'ai eu et son explication ?

27 Daniel répondit en présence du roi et dit : Ce que le roi demande est un secret que les sages, les astrologues, les magiciens et les devins, ne sont pas capables de découvrir au roi. 

28 Mais il y a dans les cieux un Dieu qui révèle les secrets, et qui a fait connaître au roi Nebucadnetsar ce qui arrivera dans la suite des temps. Voici ton songe et les visions que tu as eues sur ta couche.

 29 Sur ta couche, ô roi, il t'est monté des pensées touchant ce qui sera après ce temps-ci; et celui qui révèle les secrets t'a fait connaître ce qui arrivera. 

30 Si ce secret m'a été révélé, ce n'est point qu'il y ait en moi une sagesse supérieure à celle de tous les vivants; mais c'est afin que l'explication soit donnée au roi, et que tu connaisses les pensées de ton coeur.

31 O roi, tu regardais, et tu voyais une grande statue; cette statue était immense, et d'une splendeur extraordinaire; Elle était debout devant toi, et son aspect était terrible. 32 La tête de cette statue était d'or pur; sa poitrine et ses bras étaient d'argent; son ventre et ses cuisses étaient d'airain; 

33 ses jambes, de fer; ses pieds, en partie de fer et en partie d'argile. 34 Tu regardais, lorsqu'une pierre se détacha sans le secours d'aucune main, frappa les pieds de fer et d'argile de la statue, et les mit en pièces. 

35 Alors le fer, l'argile, l'airain, l'argent et l'or, furent brisés ensemble, et devinrent comme la balle qui s'échappe d'une aire en été; le vent les emporta, et nulle trace n'en fut retrouvée. Mais la pierre qui avait frappé la statue devint une grande montagne, et remplit toute la terre.

36 Voilà le songe. Nous en donnerons l'explication devant le roi. 37 O roi, tu es le roi des rois, car le Dieu des cieux t'a donné l'empire, la puissance, la force et la gloire; 

38 il a remis entre tes mains, en quelque lieu qu'ils habitent, les enfants des hommes, les bêtes des champs et les oiseaux du ciel, et il t'a fait dominer sur eux tous : c'est toi qui es la tête d'or. 39 Après toi, il s'élèvera un autre royaume, moindre que le tien; puis un troisième royaume, qui sera d'airain, et qui dominera sur toute la terre. 

40 Il y aura un quatrième royaume, fort comme du fer; de même que le fer brise et rompt tout, il brisera et rompra tout, comme le fer qui met tout en pièces. 

41 Et comme tu as vu les pieds et les orteils en partie d'argile de potier et en partie de fer, ce royaume sera divisé; mais il y aura en lui quelque chose de la force du fer, parce que tu as vu le fer mêlé avec l'argile. 

42 Et comme les doigts des pieds étaient en partie de fer et en partie d'argile, ce royaume sera en partie fort et en partie fragile. 

43 Tu as vu le fer mêlé avec l'argile, parce qu'ils se mêleront par des alliances humaines; mais ils ne seront point unis l'un à l'autre, de même que le fer ne s'allie point avec l'argile.

44 Dans le temps de ces rois, le Dieu des cieux suscitera un royaume qui ne sera jamais détruit, et qui ne passera point sous la domination d'un autre peuple; il brisera et anéantira tous ces royaumes-là, et lui-même subsistera éternellement. 

45 C'est ce qu'indique la pierre que tu as vue se détacher de la montagne sans le secours d'aucune main, Et qui a brisé le fer, l'airain, l'argile, l'argent et l'or. Le grand Dieu a fait connaître au roi ce qui doit arriver après cela. Le songe est véritable, et son explication est certaine.

46 Alors le roi Nebucadnetsar tomba sur sa face et se prosterna devant Daniel, et il ordonna qu'on lui offrît des sacrifices et des parfums. 47 Le roi adressa la parole à Daniel et dit : En vérité, votre Dieu est le Dieu des dieux et le Seigneur des rois, et il révèle les secrets, puisque tu as pu découvrir ce secret. 

48 Ensuite le roi éleva Daniel, et lui fit de nombreux et riches présents; il lui donna le commandement de toute la province de Babylone, et l'établit chef suprême de tous les sages de Babylone. 49 Daniel pria le roi de remettre l'intendance de la province de Babylone à Schadrac, Méschac et Abed-Nego. Et Daniel était à la cour du roi.

C'était là assumer une ligne d'affrontement et le sermon au prince rentra dans l'histoire comme une proposition stratégique sans commune mesure. Martin Luther était fou de rage, attaquant de manière violente Thomas Müntzer, le dénonçant comme étant « le satan d'Allstedt ».

De son côté, le 24 juillet 1524, Thomas Müntzer prêcha ainsi l'union populaire, avec son sermon sur l'unité, qui lui valut une convocation la semaine suivante, les 31 juillet et 1er août 1524, devant les autorités de Weimar. En arrière-plan, il y avait également l'affaire de l'incendie et l'organisation d'une structure armée clandestine, alors que la ville accueillait qui plus est toujours davantage les pourchassés lui étant favorables.

Le 7 août, il quitta alors clandestinement Allstedt, pour rejoindre Mülhausen en Thuringe.