Comenius a fondé la pédagogie dans le cadre historique prolongeant le hussitisme, participant lui-même au courant humaniste et démocratique de la Moravie, dans le royaume de Bohême (une partie de l'actuelle République Tchèque). Comenius comprend, avec une grande justesse, la manière dont l'être humain est capable d'apprendre. Il souligne l'importance de la pratique et du fait de se baser sur la réalité pour en saisir la profondeur. Concrètement, cela se traduit notamment par la mise en avant du jeu et des images ; Comenius insiste également sur l'importance de présenter les choses dans leur ensemble avant d'être en mesure de décrire leurs parties. En prenant en compte tous ces aspects, Comenius construit un programme pédagogique d'une grande modernité.

Mais son programme se veut aussi démocratique dans la mesure où personne n'est laissé de côté : il défend le fait que tous les êtres humains peuvent être éduqués. Cette dimension démocratique se traduit, entre autre, par le fait que les femmes doivent être arrachées à l'infantilisme dans lequel elles sont maintenues et que la population devrait élire les personnes responsables de l'inspection des écoles.

Ce grand programme pédagogique ne pourra cependant jamais être mis en place en Bohême : à l'époque de son élaboration, le hussitisme et le calvinisme ont échoué et le catholicisme se lance dans une nouvelle offensive avec le baroque. Comenius donne alors à son programme une dimension universelle : la pédagogie qu'il a élaborée se veut applicable dans n'importe quel pays.