Comme on le comprend, la notion d'individu et la tentative d'explication des affections sont le problème que tente de résoudre Spinoza. Les deux dernières parties de l'Éthique ont de ce fait comme titre « De la servitude de l'homme » (avec en sous-titre « ou des forces des affections ») et « De la puissance de l'entendement » (avec en sous-titre « Ou de la liberté de l'homme »).

Spinoza tente à tout prix d'intégrer ces aspects en les soumettant à ce qu'il a formulé dans sa première partie où il définit Dieu comme la totalité, c'est-à-dire comme la Nature.

Dans son étude, le philosophe idéaliste Toni Negri, soutenu d'ailleurs par Gilles Deleuze sur ce point, tente de construire un Spinoza qui chercherait à s'émanciper de la première partie, qui chercherait la puissance de l'individu, sa spontanéité, le discours sur Dieu n'étant qu'un prétexte.

En réalité, c'est le contraire : Spinoza tente de maintenir la notion d'absolu, de totalité.

On comprend alors ici tout à fait que Spinoza termine l'épisode féodal du matérialisme, annonçant le passage à une étape supérieure. Les titres des derières deux parties montrent, en effet, de manière claire que Spinoza en reste à l'approche classiquement féodale considérant l'esprit dans son rapport au corps comme celui du pilote à son navire.

D'un côté, l'homme est esclave, car prisonnier des affections, qui sont liées au corps, mais aussi à un esprit dans sa dimension faible, dans la mesure où il s'agit de l'interaction directe avec le corps. De l'autre, l'homme est libre, car il peut réfléchir indépendamment (faisant basculer alors sa pensée individuelle dans le raisonnement universel).

Il faut ici employer le terme « homme », car Spinoza ne parvient pas non plus à s'arracher à une approche patriarcale propre au Moyen-Âge, se distinguant de celle de l'antiquité par un rapport non pas tant à la violence qu'à ce qu'on pourrait appeler un certain « esprit de décision ».

A cela s'ajoute un problème majeur pour Spinoza. Si, en effet, le monde correspond à Dieu, c'est-à-dire si le monde a une structure interne naturelle, comment expliquer que les êtres humains ne se comportent pas de manière adéquate? Comment expliquer d'ailleurs que cela soit même possible?

Comme déjà dit, c'est là toute la clef du problème de Spinoza, qui ne connaît que le principe cause-conséquence et pas la notion de mouvement.

Pourtant Spinoza devait résoudre cela s'il compte justifier qu'il a réellement apporter quelque chose de nouveau à l'averroïsme outre son insistance sur la notion d'unité de l'univers, son monisme. Il s'appuie d'ailleurs là-dessus pour se sortir de l'impasse le guettant, à savoir de se voir réduit au dilemme d'un monde organisé contenant des êtres humains désorganisés.

Spinoza affirme tout d'abord que les êtres humains sont à considérer comme des parties du monde. Or, comme seul le système dans son ensemble compte, les parties peuvent très bien se voir aller dans un sens particulier, voire négatif.

Spinoza articule ainsi sa pensée :

« Nous pâtissons en tant que nous sommes une partie de la Nature qui ne peut se concevoir par soi sans les autres parties (…). La force avec laquelle l'homme persévère dans l'existence est limitée et surpassée infiniment par la puissance des causes extérieures. »

Spinoza, ici, témoigne de sa non-compréhension de la dialectique de la matière, qui lui aurait fait comprendre l'interaction générale et absolue de la matière, à tous les niveaux, ce que Mao Zedong et le physicien japonais Sakata ont appelé « l'univers en oignon ».

Ce titan qu'est Spinoza est obligé, de son côté, en raison de ses limites historiques, de faire avec des éléments séparés, chose qu'il aurait préféré éviter puisqu'en dernier ressort seul l'ensemble compte. Il reflète ici la bourgeoisie s'affirmant avec le mode de production capitaliste et entrevoyant tout par le prisme de l'individu.

Spinoza est très clairement dans le prolongement de l'averroïsme d'un côté, de la philosophie et de la religion juives de l'autre ; il peut encore penser en termes d'unité. Après lui, ce ne sera plus possible sans s'appuyer directement sur le matérialisme dialectique.

Donc, Spinoza est obligé de s'appuyer sur les individus en tant que « parties » et il affirme que leur changement doit également à des « causes extérieures », c'est-à-dire aux chocs et divers événements se produisant dans la réalité les concernant.

On a ainsi toute une perspective psychologique : d'un côté, on tente de s'épanouir, chose naturelle, de l'autre on est confronté à des obstacles dus au monde extérieur.

Voici comment Spinoza définit le socle psychologique de chaque personne :

« Comme la raison ne demande rien qui soit contre la nature, elle demande donc que chacun s'aime lui-même, cherche l'utile propre, ce qui est réellement utile pour lui, appète tout ce qui conduit réellement l'homme à une perfection plus grande et, absolument parlant, que chacun s'efforce de conserver son être, autant qu'il est en lui. »

Le problème évident dans cette perspective est qu'on perd de vue l'être humain générique, l'universalisme de l'humanité, pour basculer dans une addition et une soustraction de choses bonnes ou mauvaises dans des cas individuels.

C'est précisément sur cette faiblesse que s'appuient certains intellectuels libéraux ou libertaires pour tenter de s'approprier Spinoza, en le transformant en partisan nietzschéen de l'individu cherchant à s'élancer individuellement autant qu'il le peut.

Spinoza avait conscience du danger et c'est pour cela qu'il a maintenu, dans le prolongement d'Aristote, l'entendement comme étant au-dessus des affections et comme permettant un accès à la totalité :

« Le bien suprême de l'âme est la connaissance de Dieu et la suprême vertu de l'âme est de connaître Dieu. »

Dans la mesure où les êtres humains raisonnent, ils basculent dans l'universel ; dans la mesure où les affections triomphent, où les passions submergent « l'âme », les êtres humains se retrouvent en conflit.

On a là d'un côté une préservation de la supériorité de la totalité, mais de l'autre la faiblesse historique, sous la forme d'une lecture individualiste, bourgeoise. Cela se voit nettement dans l'incapacité de Spinoza à généraliser, au nom d'une vision utilitaire, pragmatique, la protection de ceux qui veulent persévérer dans leur être :

« On peut voir par là que cette loi qui interdit d'immoler les bêtes est fondée plutôt sur une vaine superstition et une miséricorde de femme que sur la saine raison.

La règle de la recherche de l'utile nous enseigne bien la nécessité de nous unir aux hommes, mais non aux bêtes ou aux choses dont la nature est différente de l'humaine.

Nous avons à leur endroit le même droit qu'elles ont sur nous. Ou, plutôt, le droit de chacun étant défini par sa vertu ou sa puissance, les hommes ont droit sur les bêtes beaucoup plus que les bêtes sur les hommes.

Je ne nie cependant pas que les bêtes sentent, mais je nie qu'il soit défendu pour cette raison d'aviser à notre intérêt, d'user d'elles et de les traiter suivant qu'il nous convient le mieux, puisqu'elles ne s'accordent pas avec nous en nature et que leurs affections diffèrent en nature des affections humaines. »