Après avoir dû fuir Allstedt, Thomas Müntzer finit par s'installer à Mühlhausen en Oberfranken. Cette ville avait 7 000 habitants et qui plus est 19 villages y étant rattachés ; son importance était alors plus grande que Dresde ou Leipzig.

A Mülhausen, l'ancien moine Henri Pfeiffer avait organisé un soulèvement populaire. Afin de bien saisir l'ampleur de l'effervescence d'alors, voici un message de Thomas Müntzer envoyé à Allstedt qu'il venait de fuir, et qu'il signe « Thomas Müntzer, destructeur des impies » :

« Frère, depuis combien de temps dormez-vous ? Depuis combien de temps méconnaissez-vous la volonté de Dieu ?

Vous qui prétendez qu'il m'a abandonné. Ah ! Combien de fois ne vous ai-je pas dit comment les choses devaient être. Il vous être plus fermes. Si vous ne l'êtes pas, votre sacrifice et la douleur de votre cœur seront vaines.

Il faut qu'à nouveau vous rentriez dans la douleur. Je vous le dis, si vous ne voulez pas souffrir pour Dieu, vous serez les martyrs du diable.

Gardez-vous. Ne soyez pas hésitants, négligents. Ne flattez pas plus longtemps les faux esprits fantasques, les méchants impies. Debout ! Et armez-vous pour le combat du Seigneur ! Il est grand temps !

Pressez vos frères, qu'ils ne rient pas des témoignages divins, sinon ils périront tous. Tout le pays allemand, français, romain est réveillé. Le Maître veut agir, et l'heure des méchants est arrivée…

Si vous n'êtes que trois à vivre en Dieu, à chercher son nom et son honneur, vous n'aurez pas peur de centaines de mille…

Allons ! Debout ! Debout ! Debout ! Il est temps. Les méchants sont poltrons comme des chiens ! Debout ! Debout ! Debout ! Ne vous laissez pas gagner par la pitié. Ne regardez pas la misère des impies. Ils vous prieront et vous supplieront aussi tendrement que des enfants. Ne vous laissez pas apitoyer…

Debout ! Debout ! Debout ! Il est temps… Debout ! Debout ! Debout ! Pendant que le feu est ardent. Ne laissez pas refroidir votre épée. Ne la laissez pas se paralyser. Forgez-la sur l'enclume de Nemrod… Tant qu'ils [les seigneurs] vivront, vous ne pourrez vous débarrasser de la crainte. On ne pourra pas vous parler de Dieu tant qu'ils vous gouverneront.

Debout ! Debout ! Debout ! Tant que vous avez encore de la lumière. Ne vous laissez pas effrayer. Dieu est avec vous. »

Thomas Müntzer rédigea notamment deux manifestes à Mühlhausen, nouveau bastion de la révolte :

- Mise à nu de la fausse foi du monde déloyal par le témoignage de l'Évangile de saint Luc, exposé à la misérable chrétienté pour lui rappeler ses errements ;

- Réfutation bien fondée et réponse à l'être charnel qui mène une vie douce à Wittenberg et qui a trompeusement, par le vol des Saintes Écritures, souillé misérablement la pitoyable chrétienté.

Ce dernier texte vise bien entendu Martin Luther, accusé de vivre confortablement, d'avoir abandonné la cause qui était censée être la sienne. On y lit entre autres :

« Que savez-vous, vous qui vivez dans l'abondance, qui n'avez jamais rien fait que baffrer et boire, que savez-vous de la gravité d'une foi véritable.

Les pauvres gens nécessiteux sont si hautement trompés qu'aucune langue ne peut le dire. Par leurs paroles et par leurs actes, les seigneurs obtiennent que le pauvre homme, soucieux de se procurer sa nourriture, n'apprenne pas à lire. Et ils prêchent insolemment que le pauvre homme doit se laisser écorcher et dépouiller par les tyrans. »

Thomas Müntzer appelle Martin Luther le « docteur Mensonge », « le premier des porcs à l'engrais », « le pape de Wittenberg, païen corps et âme ».

Le fond de la polémique entre Martin Luther et Thomas Müntzer va s'appuyer notamment sur le XIII^e chapitre des Romains. Martin Luther s'appuie sur les points 1 et 2, tandis que Thomas Müntzer considère que les points 3 et 4 soulignent la dépendance de l'autorité par rapport à la foi, donc au peuple.

« 1 Que toute personne soit soumise aux autorités supérieures ; car il n'y a point d'autorité qui ne vienne de Dieu, et les autorités qui existent ont été instituées de Dieu. 

2 C'est pourquoi celui qui s'oppose à l'autorité résiste à l'ordre que Dieu a établi, et ceux qui résistent attireront une condamnation sur eux-mêmes. 

3 Ce n'est pas pour une bonne action, c'est pour une mauvaise, que les magistrats sont à redouter. Veux-tu ne pas craindre l'autorité ? Fais-le bien, et tu auras son approbation. 

4 Le magistrat est serviteur de Dieu pour ton bien. Mais si tu fais le mal, crains; car ce n'est pas en vain qu'il porte l'épée, étant serviteur de Dieu pour exercer la vengeance et punir celui qui fait le mal. »

Le mouvement de Thomas Müntzer essaima dans le sud des pays allemands, notamment à Eisleben, Mansfeld, Frankenhausen, Halle.

Le 19 septembre 1524, grâce à l'action de Thomas Müntzer, ainsi que Henri Pfeiffer, onze articles de revendications furent formulées, alors que parallèlement est formée la Ewigen Bundes Gottes, L'union éternelle de Dieu, avec comme symbole un drapeau aux couleurs de l'arc-en-ciel.

Les bourgeois de Mülhausen ne soutinrent cependant pas l'initiative et le 27 septembre, Thomas Müntzer et Henri Pfeiffer quittèrent la ville avec des troupes paysannes, pour finalement revenir quelques mois plus tard, à la suite des succès de fraction gauche de la bourgeoisie.

Henri Pfeiffer revint le 13 décembre 1524, Thomas Müntzer en février 1525, étant nommé ministre des cultes de trois quartiers  le 28 février, prêchant désormais à Sankt-Marien, la plus grande église de la ville.

Il demanda le 16 mars qu'un nouveau conseil communal soit élu, ce qui fut fait le lendemain ; le « conseil éternel » dura du 17 mars au 28 mai 1525. Mülhausen devint le bastion d'où irradiait la propagande théologico-politique.

Des rébellions se développèrent dans les villes et prirent le contrôle d'Ulm, de Fribourg-en-Brisgau, de Rothenbourg sur le Tauberg, de Bamberg, de Weinsberg, de Heilbronn, de Memmingen, de Saverne, de Wissembourg, avec le soutien des villes d'Erfurt et de Langensalza, Trêves et Francfort manquant de tomber.

Thomas Müntzer fut à l'origine d'initiatives de soutiens armés, comme à Langensalza ou encore Eichsfeld. C'est à ce titre que le 9 mai, Thomas Müntzer appella à soutenir Frankenhausen et 300 hommes quittèrent Mülhausen le 10 ou le 11 mai, rejoignant le 12 le camp militaire de Frankenhausen.

Car, fort de sa ligne démocratique, Thomas Müntzer chercha à se tourner vers les paysans. Il rejoignit ainsi les paysans du Südschwarzwald, faisant la rencontre de Balthasar Hubmaier et Johannes Ökolampad.

En Juin 1524 avait en effet commencé une vaste agitation paysanne dans la région de Stühlingen dans le Südschwarzwald. Toute une irradiation d'insoumission paysanne se forma.

Étaient touchés par ce mouvement l'Alsace, les duchés de Brunswick, la Carinthie, la Carniole, la Hesse, le Palatinat, l'archevêché de Salzbourg, la Saxe, la Styrie, la Thuringe, le Tyrol.

Cette rencontre entre l'avant-garde plébéienne et la rébellion paysanne donna un caractère explosif et urgent à la situation.